高校是我国开展科学研究的一支重要力量。近年来,随着党中央、国务院增强自主创新能力、建设创新型国家的重大战略决策的顺利实施,高校承担的科研项目和筹措的科研经费均呈现大幅增长趋势,科研经费已成为学校重要的资金来源之一。科研经费管理在高校财务管理中的地位日渐突出。但是,部分高校由于对科研经费管理重视不够,缺乏完善的纵、横向科研经费内部管理制度,在科研经费管理和使用中仍然存在一些突出的问题。因此,必须进一步规范和加强高校科研经费管理,提高资金使用效益,确保高校科研工作健康发展。各类高校为了促进学科建设和人才培养,提升学校的声誉和地位,普遍高度重视科研活动的开展。高校对科研活动的管理包括两方面:科研项目管理和科研经费管理。管理模式多为科研处负责科研项目的管理,财务处负责科研经费的管理。科研经费的财务管理是高校科研管理的基础工作,用活用好科研经费对高校科研活动的开展具有不可轻视的作用。但是,目前高校科研经费的财务管理中存在不少亟待解决的问题。本文基于现有文献的分析和大量的调研,以新疆高校为研究对象,归纳了新疆高校科研经费财务管理上存在的主要问题,分析了形成的主要原因,探讨了进行科研经费财务管理创新的主要举措。