19世纪初，基督教（新教）作为外来宗教开始传入我国，历经波折于新中国成立后迎来新生，并在改革开放后开始了大规模传播。我国到底有多少基督教信徒？尽管各机构在统计数据上存在差异，但是基督教在我国快速发展的实事不可否认，已成为共识。面对日益壮大的基督教群体，政府应如何对之进行治理？如何引导宗教发展与社会主义建设事业相适应？这成为摆在各级政府面前新的课题与挑战。　　县乡两级基层政府是执政体系的末端，目前基层政府对基督教的治理处于繁复低效的状态，现行对基督教的治理不是“一元”的而是“多元”的，对不同性质的宗教组织、不同的宗教活动采用不同的治理手段，监管部门包括统战、宗教、民政、公安等，多个部门之间的关系错综复杂，形成了多元治理模式。然而基层基督教现实中也屡次发生各类乱象。我国现阶段的宗教治理水平，尤其是基层政府的治理模式还存在许多问题。对于为何会出现这么多缺陷、不足，各路学者各有见解，但共通之处在于，都认为政府对宗教事务管理干预过多。基层政府与教会组织之间相互沟通较少，相互不理解，政府担心教会“惹事”所以强加管理甚至乱管理，教会认为政府束缚过多抑制教会发展，双方的误解或矛盾逐步升级。　　本文以默顿功能分析学说为理论工具，详述了基层基督教的治理现状，深入分析了存在的漏洞和原因，力求探究出切实可行的改进路径。