专利权无效程序或者也可称作专利确权程序,世界各国各有体制,但归纳起来主要有行政审查程序和司法审查程序这两项措施,我国与相之对应的程序设置就是专利复审委员会应无效请求人申请启动的专利无效宣告审查及其后续的专利无效行政诉讼。在我国当前的专利无效程序设计中,一个突出的问题就是呈现出专利权人维权难与大量垃圾专利否决难并存的两难困境,无效争议中的专利权效力经常性的处于一个长期相对不确定的状态,这使得无论是善意专利权人维权还是对于垃圾专利权的无效都将是一个相当耗费时间、精力的过程。而造成这一两难困境的核心之处就在于我国当前的专利无效程序冗长、拖沓、低效率,无效程序的架构忽略了专利权的私权本质及法律争议的民事性,僵化地适用行政诉讼模式从而导致产生很多的程序扭曲和错位。本文开篇以两个典型专利无效案例的介绍为切入点,通过对这两种典型专利无效案例的分析与对比,透视我国专利无效程序运行中的现状和困境。然后结合前文的案例对我国当前专利无效程序运行中出现的诸如审级过长、循环诉讼、权力冲突、司法行政资源浪费等一系列问题进行全面的归类分析。再从应然性的角度对专利权、专利无效宣告审查、专利无效诉讼等几个专利无效程序中最核心基础性问题的性质特点进行较深入的法理分析,探寻专利无效程序重构的法理基础。最后参考国外的相关制度设计和学者们对我国专利无效程序改革意见,对我国专利权无效程序的重构提出自己的建议和方案。