鼻咽癌是在东南亚地区和我国南部广泛流行的一种恶性肿瘤，本研究采用蛋白质组学的研究手段对鼻咽癌细胞系作了一系列的研究，共分为三个部分： 第一部分，采用了双向电泳，PDQuest软件分析和基质辅助激光解析串联质谱的技术路线，分析了鼻咽癌细胞系和正常的鼻咽上皮细胞系之间的蛋白质组学的差异。共鉴定了15个在肿瘤细胞中上调和18个在肿瘤细胞表达下调的蛋白质，并对其中的两个蛋白质annexinAl和nm23H1进行了免疫印迹的验证。这些表达差异的蛋白质与细胞的增殖和调亡、癌症的转移，细胞骨架，信号传导等有关。本实验的研究结果为研究鼻咽癌的癌症发生机理的研究提供了帮助。 第二部分，以鼻咽癌细胞系HNE1质膜为研究对象，分成三部分研究细胞表面蛋白质： (1) 通过0.1M Na<,2>CO<,3>、水和生物素处理细胞表面富集到细胞外周蛋白质，(2) 通过Percoll密度梯度超速离心得到全质膜，(3) 对细胞匀浆液用0.1M Na<,2>CO<,3>溶液处理后再进行Percoll密度梯度超速离心得到整合质膜蛋白质。对这三种方法提取的细胞表面蛋白质通过一维SDS-PAGE结合电喷雾四极杆飞行时间串联质谱(ESI-Q-TOF)，双向凝胶电泳分离结合基质辅助激光解析飞行时间串联质谱(MALDI-TOF-TOF)，以及“shotgun”等多种技术路线进行分离和鉴定，一共鉴定了848个非冗余蛋白质。通过生物信息学手段，对鉴定的结果进行了功能分类，并且绘制鉴定结果的蛋白质相互作用关系图。另外，对鉴定到的蛋白质中的Galectin-1，nm23，Keratin 8，HSP-70，VCP进行了免疫细胞学分析，发现这些在前人研究中定位在胞浆和核上的蛋白质，同样也定位在细胞膜上。 第三部分，对不同分化程度的鼻咽癌细胞系CNE1和CNE2的细胞质膜进行了差异蛋白质组的分析。通过Percoll密度梯度离心，用Western Dot分析，取富集了细胞质膜的一层，用丙酮沉淀后再裂解得到蛋白质。采取2DE的方法对蛋白质进行分离鉴定。对2DE的图谱进行了PDQuest软件分析，应用MALDI-TOF-TOF/MS鉴定，其中13个差异蛋白质得到了准确鉴定；对差异蛋白质中具有重要意义的蛋白质，如Gelectin-1和Annexin Ⅱ进行免疫印迹得到了证实。对Cytokeratin 8和HSP 70等蛋白质进行了实时RT-PCR分析。