太行菊属(Opisthopappus Shih)是1979年经石铸鉴定的菊科-新属植物，为太行山区特有。该属包括太行菊(Opisthopappus taihangensis(Ling)Shih)和长裂太行菊(Opisthopappuslongilobus Shih)两种。太行菊属植物通体富含芳香油，干后香味持久，可提取芳香油，用作香料，具有重要的生态、种质和经济价值。由于太行菊属植物分布区狭窄，生活环境独特，繁殖能力较弱，加上人为采摘严重，现处于濒危状态，已被列为河南省重点保护植物。　　 ISSR标记具有快速、简单、费用低、无种属特异性等优点，已被广泛应用于遗传多样性的研究。本试验应用ISSR标记对6个群体116个太行菊个体的遗传多样性进行了研究。　　 (1)筛选并优化了太行菊DNA的提取方法。通过比较常规CTAB法、SDS法和改良CTAB法对太行菊叶片总DNA的提取效果，发现常规CTAB法提取的DNA不能完全溶解，且有褐化现象：SDS法提取的DNA产率及纯度都很低；改良CTAB法提取的DNA相对来说产率高且稳定，无明显降解，杂质少，最终选定改良CTAB法提取的DNA为模板，应用叶绿体通用引物扩增出特异性的高效产物。　　 (2)从测试的50条ISSR随机引物中筛选出了扩增效果稳定、条带丰富的10条引物进行116个样品的ISSR检测。10条引物共扩增出157条清晰可识别的条带，每条引物扩增出的条带数在11～31之间，平均为15.7；各条带分子量在200～2100bp。在扩增出的157条带中，有104条为多态条带，物种水平多态位点比率为66.24％，群体水平平均多态条带的百分比(PPB)为56.23％；群体和物种水平的平均Nei遗传多样性(h)分别为0.1667和0.2271，而Shannon信息指数(I)分别为0.2489和0.3619。物种水平上等位基因数目为2.0000，每个位点有效等位基因数为1.3621。　　 (3)6个群体中的Nei遗传一致性的平均值为0.9123，其中J-YTS与J-YTD的遗传一致性最高，达到0.9349，J-WHA与J-SCK的遗传一致性最低，为0.8761。群体间的遗传距离在0.0720～0.1375之间，其中J-YTS与J-YTD群体遗传距离最小，J-WHA与J-SCK群体遗传距离最大。　　 (4)基于Nei遗传距离，利用UPGMA聚类法对6个太行菊群体进行聚类分析，结果分为两个较为明显的组。其中J-WHA单独为一组，其余群体，即J-WHB，J-LHP，J-YTS，J-YTD，J-SCK聚为一组。主成分分析(PCA)显示，6个群体在图中的分布接近自然类群，每个群体都各自聚在一起。　　 (5)利用IBDWS Version3.23进行mantel检验，结果显示群体之间的遗传距离与地理距离之间相关性不显著(r=0.2243，p=0.2590)，同时与海拔距离之间的相关性也不显著(r-0.2813，p=0.8650)，说明了地理因素对太行菊的群体遗传结构并无太大影响。　　 (6)利用POPGENE1.32分析软件，计算不同群体间的遗传分化水平。6个群体总的基因多样性Ht为0.2264，群体内遗传多样性Hs为0.1617，群体间的基因流Nm=1.2489。同时，AMOVA分析显示58.78％总基因变异发生在群体内，41.22％的变异发生在群体之间，AMOVA分析验证了Nei基因多样性对群体结构的分析结果。根据structure软件分析，供试太行菊116个样品来源于6个群体，J-WHA，J-WHB，J-YTS分别来自不同群体，J-SCK和J-YTD来源于同一个群体，而J-LHP群体内的个体则来源于两个不同群体。