乳腺癌是全球女性发病率最高的肿瘤,定义为雌激素受体(ER)阴性、孕激素受体(PR)阴性、人表皮生长因子受体-2(HER2)阴性的三阴性乳腺癌是临床上最难治愈的乳腺癌之一。即使是病理类型和临床分期均相同的三阴性乳腺癌患者,在经历相同的治疗过程后预后仍然有较大差异,表明三阴性乳腺癌内部存在高度的异质性。本文采用多组学整合的方法,整合转录组、全外显子测序、CNV等数据,将中国人群三阴性乳腺癌分成五个不同亚型,并综合分析每个亚型的临床特征和分子突变谱。本文从突变基因的信号通路富集、亚型特异性高表达基因和互作基因对等多个角度分析三阴性乳腺癌的潜在药物靶点。人类癌症本质上是一种动态疾病,会通过一系列遗传变异的积累而在很长一段时间内逐步发展。本文利用Monocle的伪时间序列分析绘制出三阴性乳腺癌进展树模型,探究不同三阴性乳腺癌样本之间的发展差异性,展示不同样本所处的状态与其内在分子特征的关联性。最后,本文探索性地利用TCGA上1218个乳腺癌样本的放化疗以及用药信息,探究在不同乳腺癌亚型框架下放化疗的敏感性、治疗效果以及内部的分子特征,为三阴性乳腺癌的治疗提供参考和思路。