近年来，随着经济社会发展水平的不断提升以及城市建设的蓬勃开展，我国城市功能组织复杂化和城市规模膨胀化的趋势愈发显著，并由此带来了人口和功能过度集中、交通拥堵、环境质量下降等一系列问题。产生这些“城市病”的根源在于市民活动多元化与城市多元联系的非均衡发展，即城市功能联系需求与城市交通供给之间存在着矛盾。为此，国内很多大城市提出了通过发展以轨道交通为主导的城市公共交通来化解上述矛盾的政策。然而从实施效果来看，仅注重交通供给的对策效果并不明显，还必须从人的活动与出行特征出发，通过协调功能需求与交通供给之间的关系，促进城市轨道交通与城市功能组织的整合发展，这也是我国大城市可持续发展的必然要求。本文从大城市多样化的功能组织特征出发，结合城市生活的多元联系和城市可持续发展的多维度要求，通过对城市功能组织在不同尺度下的差异化模式和城市轨道交通系统的不同构成要素进行一一对应，从宏观、中观、微观三个层面探讨两大系统不同的互动机理与关系表现，并提出促进两者协调发展的对策措施。根据这一思路，研究主要围绕以下三个重点展开：首先，本文在对城市功能组织、城市轨道交通系统的基本理论，以及两者互动关系理论进行梳理的基础上，提出城市功能的多样化选址、城市生活的多元性联系以及城市发展的多维度要求是促进新时期城市轨道交通系统与城市功能组织协调发展的必然要求与内在机制。进而根据大城市功能组织在城市、走廊（轴线）、地区（节点）等不同尺度下的差异化表现形式，以及城市轨道交通系统在网络、线路、站点三个方面的要素构成，确立了两者在轨道网络与城市功能结构、轨道线路与走廊功能布局、轨道站点与地区功能组织三个层面的互动关系与协调重点，为接下来所进行的深入研究提供了层次化、系统化的分析框架。接下来，分别从网络与城市功能结构、线路与沿线功能布局、站点与地区功能组织三个层面探讨了城市轨道交通系统与城市功能组织之间的关系特征、互动机理与协调对策。宏观层面，通过分析城市功能组织模式与城市轨道交通之间的相互作用，提出在系统效率最优导向下大力推行以轨道交通为依托的“大分区-小混合”城市功能组织模式，建立基于轨道网络的职住平衡是解决大城市问题的根本出路。中观层面，通过分析轨道线路本身技术特征对沿线功能布局的影响，以及沿线功能对轨道交通的反作用，提出了轨道走廊与沿线功能布局协调发展的要点；微观层面，提出了以城市断面分区为依据的轨道站点分类方法，以及轨道站点与功能节点耦合发展的主要策略，并在此基础上建议以“站点规划单元”作为促进轨道交通与城市功能组织协调发展的创新规划方法。最后，以天津主城区近期轨道网络及地铁1号线为例，从近期轨道网络与城市功能结构整合关系、轨道线路与沿线功能布局协调发展、轨道站点与节点功能组织优化三个层面进行了实证研究。每个层面的研究均以问题为导向展开，通过基于轨道网络的时距分析、基于节点组织的廊道效应、基于断面分区的站点分类等分析方法，揭示出影响天津轨道交通与城市功能组织在各层面协调发展中所面临的主要问题，进而以前文的理论研究成果为支撑，分别提出了相应的协调对策与措施。