本研究以不含Pi-1基因、恢复力强的N优69-1，与含有Pi-1基因的LAC23进行杂交至F8代群体；用靠近水稻11号染色体末端Pi-1，基因附近的SSR标记分别在母本父本间检测出有多态性的引物5对，然后用这5对引物对F8代群体检测，再将结果与田间实际抗病的来自F2自交群体中农艺性状与N优69-1一致的子代植株比较；分析数据以检验分子标记对稻瘟病抗性鉴定的准确率，验证微卫星分子标记在分子育种中应用的可靠性。主要研究结果如下：
　　(1)利用靠近水稻11号染色体长臂末端Pi-1基因的12对引物，检测出5对引物在Lac23与N优69-1之间表现出差异性。
　　(2)利用上述差异性引物对F8群体检测，检测出与Lac23标记一致的个体有RM254:39个；RM224:31个；RM6293:41个；RM6094:79个；RM2136:131个。
　　(3)在田间实验中对稻瘟病的检测按照中华人民共和国国家标准(GB/T1579-1995)中的稻瘟病调查和测报标准进行，在297个单株中选出了63株综合抗病等级为1，2，3级的材料。
　　(4)以实验室数据与田间数据的比较，结果显示单引物对抗病材料的选择准确率均未达到选择要求，5个多态性核心引物的选择结果中所占有的实际抗病材料最高为RM6293，选择结果表现为22个抗病材料（占总阳性条带的53.66%），依次为RM6094,RM254,RM2136,RM2240
　　(5)为了提高选择率，采用引物组合的方式进行数据分析，双引物组合的分析结果显示以RM6094/RM2136为组合的引物选择出来的阳性条带在各级的抗病材料中选择率为最佳，田间表现为1级抗病的14个材料中检测出10个，表现为3级抗病的30个材料中检测出12个，表现为5级抗病的19个材料中检测出6个，准确率达到73.68%。随着引物组合的个数增加，准确率有明显提高。以三引物组合分析，其检测结果基本消除了假阳性材料，且选出来的抗病材料大部分为抗病等级是1级的材料。只有一个材料为3级抗病，没有选择到5级抗病的材料，证明通过核心引物的组合能准确选择出高抗材料。
　　(6)实验分析得出引物组合的方式对抗病材料的选择规律：引物组合数越高，越能准确的选择出高抗的材料。
　　实验意义：通过分子生物学手段，达到以实验室条件就能确定高抗材料，配合田间育种，为分子辅助育种奠定基础，选用F8子代作为实验材料，其目的在于多次自交重组后，基因与分子标记之间的重组变化达到稳定，能选择出较准确的标记。其次，避免了多次传代对抗病性造成的影响。