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本研究为了进一步了解中国茸鹿遗传资源的遗传结构和系统进化，采用微卫星标记和线粒体DNA技术对中国茸鹿的9个梅花鹿、马鹿品种和类型遗传多样性进行了分析。结果如下：
1、本研究利用20个微卫星标记对9个梅花鹿、马鹿品种和类型的699个个体进行DNA多态性测定和统计分析。计算了等位基因频率、遗传杂合度、多态信息含量、奈氏遗传距离和奈氏标准遗传距离，采用UPGMA及NJ法构建了系统发生树，估算了遗传分化时间。结果表明：本研究在牛羊的微卫星位点中首次借用了6个位点(BLA2、MGTG7、BMC1009、BM4107、BM6506、BOVIRBP)应用到鹿的微卫星研究中。TGLA10、BM757、BM5004和IDVGA-29为单态位点，塔里木马鹿平均杂合度为0.2732，阿尔泰马鹿与东北马鹿期望杂合度均高于观察杂合度，说明其遭受到了不同程度的瓶颈效应。平均多态信息含量为0.4420，平均分化系数为0.2820，基因流的平均值为0.6830。系统聚类结果与中国茸鹿的地理分布基本一致，可以将马鹿资源分成四大类，天山马鹿和阿尔泰马鹿聚为一类，东北马鹿与左家马鹿聚为一类，甘肃马鹿为一类，塔里木马鹿为一类。梅花鹿资源分成两大类，东丰梅花鹿和左家梅花鹿聚为一类，兴凯湖梅花鹿为一类。马鹿和梅花鹿品种或类型间的遗传分化时间为86年-2086年。在梅花鹿中东丰梅花鹿和左家梅花鹿的分化时间最短，为110年；在马鹿中塔里木马鹿和东北马鹿的分化时间最长，为793年；阿尔泰马鹿和天山马鹿的分化时间最短，为86年。由此可见在同一地区的分化时间相对较小，而地域较远的品种或类型的分化时间较大。
2、利用线粒体DNA细胞色素b基因测定马鹿、梅花鹿441个个体的mtDNA序列长度为425bp的片段，检测到44种单倍型，56个变异位点，有18个颠换和38个转换。东北马鹿和左家马鹿包含的单倍型数目最多，为9个；天山马鹿、兴凯湖梅花鹿和东丰梅花鹿的的单倍型数目最少为3个。中国茸鹿群体内的P-距离为0.00695±0.00129，群体间的P-距离为0.03399±0.00519，总群的P-距离为0.04095±0.00635。用SAS8.0中的聚类分析中的类平均法对梅花鹿和马鹿进行聚类分析，塔里木马鹿自成一类；天山马鹿与阿尔泰马鹿先聚为一支，东北马鹿和左家马鹿聚在一起，然后分别与甘肃马鹿聚成一类；兴凯湖梅花鹿自成一类；东丰梅花鹿和左家梅花鹿聚成一类。这一结果与微卫星的检测结果大体一致。
3、通过建立一般线性模型对东北马鹿、甘肃马鹿、左家马鹿、东丰梅花鹿、兴凯湖梅花鹿、左家梅花鹿微卫星遗传标记的筛选。左家梅花鹿AB型鹿茸产量与左家梅花鹿AA型鹿茸产量之间的差异显著(p=0.0108＜0.05)，AA型鹿茸产量明显高于AB型的鹿茸产量，A基因对产茸量的效应为正效应。兴凯湖梅花鹿的微卫星位点TGLA226的AB、BB型有显著差异(p=0.0416＜0.05)，兴凯湖梅花鹿的AB、BB型产茸量之间差异显著，AB型的鹿茸产量明显高于BB型。