本文用2-DE和iTRAQ对6只湖羊产后1 d、3 d、7 d、14 d、28 d和56 d的脱脂乳和乳清蛋白质组进行了分析,主要结果如下:(1)湖羊不同泌乳时间脱脂乳蛋白质组分析将6只湖羊不同时间点全乳等体积混合,经3,000×g离心获得脱脂乳,用双向电泳(2-DE)技术检测脱脂乳蛋白。在6个时间点的脱脂乳样中,共检测出44个差异表达的蛋白点。对比萨尔达绵羊脱脂乳的研究结果,发现湖羊脱脂乳中蛋白主要包括α-乳白蛋白、β-乳球蛋白、αS1-酪蛋白、αS2-酪蛋白、β-酪蛋白、κ-酪蛋白、白蛋白以及Ig重链前体。与1 d相比,3 d、7 d、14 d、28 d和56 d的差异蛋白点数分别为38、35、34、38和36。(2)湖羊不同泌乳时间乳清蛋白质组分析将上述湖羊混合脱脂乳经100,000×g超高速离心,获得乳清蛋白,利用2-DE结合MALDI TOF/TOF质谱技术进行分离和鉴定。在6个时间点的乳清蛋白样品中共检测到41个差异蛋白点,对应15种蛋白质。其中6种蛋白已收录在绵羊蛋白组学库中,分别为κ-酪蛋白、αS1-酪蛋白变异体、丛生蛋白、α-1抗胰蛋白酶、气道过氧化物酶和驱动样蛋白;其余9种蛋白已收录于脊椎动物蛋白数据库,分别为Igμ链、补体C3、多聚Ig受体亚型x2、IgG重链恒定区四聚体前体、核结合蛋白-1型x1、维生素D结合蛋白、角蛋白、糖基化依赖性细胞粘附分子1和肌动蛋白细胞质2亚型x1。与1 d相比,3 d、7 d、14 d、28 d和56 d的的差异蛋白点数分别为30、29、39、20和31。丛生蛋白在泌乳初期,丰度较高。14 d丰度迅速下降,28 d和56 d丰度降低到0。α-1抗胰蛋白酶丰度在14 d较高,其它时间点丰度较低。气道过氧化物酶在泌乳初期丰度较高,7 d丰度迅速下降为0,之后上升,在56 d丰度又降为0。驱动样蛋白仅在7 d和14 d丰度较高,其它时间点丰度较低。补体C3在1 d丰度很高,之后丰度不规律变化。维生素D结合蛋白在1 d、7 d、28 d丰度较高,3 d、14 d、56 d丰度较低。糖基化依赖性细胞粘附分子1仅在7 d和14d时丰度较高。肌动蛋白在1 d丰度较高,其后下降,28 d和56 d降为0。(3)不同泌乳时间点湖羊乳蛋白质组差异用iTRAQ技术分析湖羊不同泌乳期的乳清蛋白,共检出310个蛋白质。其中有111种蛋白收录于绵羊数据库,199种蛋白收录于脊椎动物数据库。6个时间点的差异蛋白为121个。热图分析表明121个差异蛋白的丰度随时间变化。与1 d相比,3 d、7 d、14 d、28 d和56 d的差异蛋白数分别为30、42、63、80和85。将蛋白进行GO功能注释,对6个时间点乳清中差异蛋白进行分类。根据分子功能分为9类,即结构分子活性、转录因子活性、抗氧化剂活性、分子转导活性、结合活性、转运活性、催化活性、趋化活性和分子调节功能。产后1 d与3 d差异蛋白分子功能分类最多;而3 d与7 d差异蛋白分子功能失去两类,即转录因子活性和抗氧化剂活性;7 d与14 d、14 d与28 d、28 d与56 d差异蛋白分子功能失去4类,即转录因子活性、抗氧化剂活性、结构分子活性和趋化活性。根据细胞定位,不同泌乳期差异蛋白分为9类,即细胞器、细胞、胞外区域、膜封闭腔、神经元突触、细胞连接、大分子复合物、细胞外基质和膜。1 d与3 d差异蛋白分类最多。而3 d与7 d差异蛋白分类缺少神经元突触。7 d与14 d差异蛋白分类缺少神经元突触、细胞连接。14 d与28 d差异蛋白分类最少,但28 d与56 d的差异蛋白分类增多,增加了大分子复合物和膜封闭腔。根据生物途径,差异蛋白分为17类,即发展过程、多细胞生物过程、细胞过程、单生物过程、生物附着、代谢过程、定位、细胞组成的组织、免疫系统、信号传递、行为反应、刺激应答、生长、转移、生物调控、多生物过程和节律过程等。不同泌乳期,乳中差异蛋白在6类生物途径中表现出较大变化,这些生物途径分别为行为反应、节律过程、生长、转移、生物附着和多生物过程。通过Pathway代谢通路注释分析,发现不同泌乳期的差异蛋白所涉及的通路主要涉及3类,即免疫通路、代谢通路和信号转导通路等。