随着我国高技术研究进入新阶段,国家“十二五”科学和技术发展规划对建设国家创新体系提出新要求,国家中长期教育改革和发展规划纲要(2010-2020)对高等教育提出“提升科学研究水平”的新课题,高校科研管理在“科教兴国”战略中占据着越来越重要的地位；加之,鉴于21世纪自然科学与人文社会科学交叉融合的发展趋势、人文社会科学在人类发展历史上和中国特色社会主义现代化建设中的重要作用及“高校人文社会科学繁荣计划”的实施,与其对应的大学人文社会学科建设逐渐被越来越多的大学重视,促进了理工科在内高校人文社会科学的发展。近年来,人文社会科学在理工为主大学取得了一定的发展,但其科研管理体制目前仍存在不少问题。本文综合运用文献资料法、比较法和案例分析法等研究方法,从理工为主高校、人文社会科学、高校科研管理体制等基本概念入手,以人本管理理论、激励理论和全面质量管理理论为基础,以国内著名理工为主大学清华大学和华中科技大学作为个案,从科研管理的组织结构、权力配置和制度设计层面梳理出其人文社会科学科研管理体制；然后,归纳出著名理工为主高校人文社会科学科研管理的经验和教训；最后,从体制创新和保障机制构建两方面,提出了创新人文社会科学科研管理体制的新举措,以及探索出明确科研管理目标机制、改进科研管理协调机制、完善科研管理激励机制、构建科研成果管理评估机制等方面的保障机制。本论文创新之处：一方面力求从体制创新的角度分析理工为主高校在人文社会科学科研管理体制存在的问题,使研究内容更系统；另一方面由点至面,以两所大学为例,从而较为全面地分析理工为主高校在人文社会科学科研管理体制上存在的普遍问题,使研究问题更深入。本文目的在于促进理工为主高校人文社会科学科研管理体制的完善和创新,提高其科学研究和服务社会经济发展的水平。