随着经济全球化、经济结构调整和产业转型升级的不断深入,世界各国越来越意识到科技创新带给国家的巨大进步,不断加大科技投入,力图抢占科技竞争的战略制高点。开展高校协同创新正是针对中国高等教育进入内涵式发展新形势提出的体现国家意志的重大战略举措,不仅是深化科技体制改革、提升高等学校创新能力的内在要求,同时也是增强我国科技实力、国际竞争力、推进创新型国家建设的必由之路。作为一种跨文化、跨领域、多主体参与的非线性创新组织模式,与以往的产学研合作机构存在较大差异,如何客观评价、有效激励,寻求体制机制的创新突破以促进高校协同创新的良性发展是国家面临的客观现实难题,也是本研究开展的目的和意义所在。本研究综合运用协同学理论、利益相关者理论、创新网络理论等,采用调查访谈法、案例研究法、文献研究法、系统分析法以及比较研究法,以高校协同创新机制为研究对象,探讨高校协同创新建设的现实需要和基本路径,重点分析高校协同创新的利益机制和现实问题,在借鉴吸收国外协同创新制度设计、组织模式、运行成效的基础上,提出共同治理我国高校协同创新的制度路径。同时,坚持理论与实践相结合的研究范式,通过对国家首批认定的14家高校协同创新中心其中的13家实地调研、深度访谈和问卷调查,具体分析这些自然形成的不同协同创新中心的利益述求以及影响协同创新利益配置的复杂因素,探索构建高校协同创新利益配置机制及其实现途径。本研究发现,高校协同创新有其特殊的内在规律性,不仅是简单的政策构想和理论创新模式,而是长期以来人类创新实践的经验总结。高校协同创新的本质是科技创新社会网络化,根本是体制机制创新。实证研究表明,不同类型协同创新进行利益配置的影响因素有一定差异,但总体上主要表现为重大任务承担能力和科研产出贡献度。面对高校协同创新这样一种由多元异质主体基于共同的目标愿景组成的复杂性开放系统,建立健全具有合理的配置原则、科学的评价体系、理性的契约过程和完善的配套政策的利益配置机制成为必要。作为一项复杂的系统工程,高校协同创新的顺利开展和深入推进,需要政府部门、高等院校、行业企业和全社会的广泛参与和密切配合。