重大科技项目是政府在若干重点领域集中突破,实现科技创新的局部跨越式发展的重要举措,也是合理配置科技资源的重要手段,它不但具有一般项目风险大的特点,还具有创新性的特点。科技管理的理论和实践都表明,众多重大科技项目失败的原因除了技术实力之外,其管理也占有极大的比重。随着我国经济体制改革和产业结构调整的不断深入,科技系统政府职能的转变已是大势所趋。近年来,国家对重大科技项目的监管,从理论到实践都还处在一个探索的阶段,没有可供遵循的固定模式。基于此,中央和地方两级监管机构的监管工作尚未形成统一的规范,监管工作开展的方式多种多样,在一定程度上弱化了监管效能。因此有必要对重大科技项目的监管模式做理论高度的总结,从而给监管的实践工作提供参考的依据。政府直接参与科技资源的分配,强化了导向功能,却成了科技成果产业化的潜在障碍。因此以间接管理取代直接管理,是市场经济前提下国家科技管理方式的必然选择,而重大科技项目的监管则是主要的间接管理手段。通过重大科技项目监管,达到政府宏观调控、干预科技资源配置的目的,同时又不直接参与市场竞争,真正实现政府职能的转换。重大科技项目引导了政府科技资金的投向,同时也体现了政策取向,检验了宏观科技政策的实施效果,因此也将直接影响国家宏观科技战略的成败。在新的经济体制下,重大科技项目的实施有不同于以往的新规律,政府管理项目同样要遵循新的经济规律,这就要求我们必须研究在新经济体制下重大科技项目的监管模式。本文以研究我国科技重大项目的监管问题为中心,通过借鉴相关理论成果和国内外实践中的先进经验,对现行的监管体系进行全面梳理和评估,通过定性和定量分析,构建科学性、规范化和可操作性的监管体系,并以重庆为例进行实证分析,提出有针对性的对策建议,为科技重大项目的监管提供理论支撑和决策参考。