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本研究采用微卫星标记技术,选取12个座位,分析鲁波山羊、牙山黑绒山羊、内蒙古绒山羊3个种群的遗传多样性,结合本实验室已发表资料,选择使用相同座位的崂山奶山羊、莱芜黑山羊、济宁青山羊、鲁北白山羊4个种群,应用Weitzman方法和多样性贡献法,对7个种群的优先保护次序进行研究。结果如下:1.遗传多样性:(1).鲁波山羊、牙山黑绒山羊和内蒙古绒山羊12个微卫星座位,只有个别座位为中度多态,其余均为高度多态;3个种群的有效等位基因数分别为:4.6852、3.2009、4.9616;期望杂合度分别为0.7799、0.6688、0.7663,表明山羊种群遗传变异较大,遗传基础比较广泛。(2).对7个山羊种群的遗传分化进行分析,平均遗传分化系数为15.0%,说明85.0%的遗传变异来自群体内;根据F-统计量,82.5%的遗传变异来自于群体内。群体内平均近交系数为48.1%,表明近交严重。(3).不同计算方法得出7个山羊种群的遗传距离值不同:标准遗传距离(Ds)范围在0.2929～1.6041之间;亲缘距离(DK)在0.4879～0.7389之间;Reynolds距离(DR)在0.592～0.1549之间;根据等位基因共享距离(DAS),内蒙古绒山羊与莱芜黑山羊之间的距离最大。2.运用Weitzman方法,计算6个山羊种群(内蒙古绒山羊为参照种群)的遗传多样性指标:(1).根据10个非遗传参数计算灭绝概率,7个种群的平均灭绝概率为0.290。(2).根据DS、DK、DR、DAS,如果不对山东6个山羊种群进行保护,一段时间后,多样性将分别减少37.48%、38.58%、38.68%、36.25%。(3).根据DS、DK、DR、DAS,6个山羊种群的绝对贡献不同,但都是济宁青山羊遗传贡献最大。(4). DS、DK、DR、DAS计算的边际多样性值不同,根据前三种遗传距离,济宁青山羊边际多样性最大;而根据DAS,鲁波山羊边际多样性最大。(5).依据保护潜力确定保护次序。四种遗传距离确定的保护次序基本一致,都是先对济宁青山羊进行保护,其次是牙山黑绒山羊。3.多样性贡献法将贡献分为群体内贡献和群体间分化贡献两部分,存在两种量度:(1).基因多样性贡献:对总基因多样性(CT)贡献最大的是崂山奶山羊(1.86%),对种群间基因多样性分化贡献最大的是莱芜黑山羊(1.42%),CT均值为0,崂山奶山羊和牙山黑绒山羊的CT大于均值。(2).等位基因丰富度贡献:对总等位基因丰富度(CrT)贡献最大的是莱芜黑山羊(5.39%),且5个群体的CrT均值为3.40%。牙山黑绒山羊、崂山奶山羊和济宁青山羊的CrT的大于均值。(3). CT和CrT呈不显著正相关(P>0.05),两者与HT、RT呈不显著正相关。根据多样性贡献法,超过两种量度均值的群体应优先保护。本研究中牙山黑绒山羊、崂山奶山羊应首先进行保护。