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【研究背景】
随着肿瘤和自身免疫疾病的治疗手段增多及实体器官移植与造血干细胞移植的开展，免疫抑制宿主日益增多,而肺炎是导致免疫抑制宿主死亡的重要原因，病原学需重点考虑呼吸道定植菌如革兰阴性杆菌或特殊病原体感染的可能性，混合感染常见。研究发现肺炎人群与健康人群之间的呼吸道微生物菌群存在差异，免疫状态对肺炎呼吸道菌群的影响不明。
【目的】
探讨：①不同免疫状态时发生的肺炎，呼吸道菌群特征是否不一致？②肺炎时上下呼吸道的微生物菌群是否不一致？③呼吸道菌群与疾病严重程度或转归是否有相关性？
【方法】
采用前瞻性调查方法，入组免疫抑制宿主CAP(ICH-CAP)、免疫抑制宿主HAP(ICH-HAP)、免疫正常宿主CAP(control-CAP)病例，收集一般资料和临床特征，采集咽拭子(NS)、痰液(SP)、肺泡灌洗液(BALF)，应用宏基因组二代测序(mNGS)行呼吸道菌群检测，应用R语言行生物信息学分析。
【结果】
1、ICH-CAP组的混合感染率最高，control-CAP组单纯细菌感染率最高，三组差异有统计学意义(P＜0.001)。
2、所有患者NS的微生物序列数(RPM)、shannon指数最高，SP次之，BALF最低，三个标本类型的两两比较差异均有统计学意义。ICH-CAP、ICH-HAP、control-CAP三组内不同标本类型RPM的两两比较差异有统计学意义。
3、ICH-CAP、ICH-HAP和control-CAP三组BALF标本的优势菌属分别为肠杆菌属(Enterobacter)、链球菌属(Streptococcus)和普氏菌属(Prevotella)，优势菌种分别为阿斯布肠杆菌(Enterobacter_asburiae )、婴儿链球菌(Streptococcus_infantis)和肺炎支原体(Mycoplasma_pneumoniae)。
4、ICH-CAP组NS、SP和BALF的优势菌属分别为链球菌属(Streptococcus)和普氏菌属(Prevotella)、链球菌属(Streptococcus)、肠杆菌属(Enterobacter)，ICH-HAP组中，NS和SP的优势菌属为链球菌属(Streptococcus)和奈瑟菌属(Neisseria)，BALF优势菌属仅为链球菌属(Streptococcus)。control-CAP组NS和BALF的优势菌属均为普氏菌属(Prevotella )，SP为链球菌属(Streptococcus)。
5、LEfSe显示ICHNS标本的标志性菌属为：劳特普罗菌属(Lautropia)、葡萄球菌属(Staphylococcus)；control-CAP组为普氏菌属(Prevotella)、韦荣氏球菌属(Veillonella)和支原体属(Mycoplasma)。ICH组SP无标志性菌属，control-CAP组为支原体属(Mycoplasma)。ICH组BALF的标志性菌属为放线菌属(Actinomyces)，control-CAP组为支原体属(Mycoplasma)。
6、LEfSe显示，ICHNS标本的标志性菌种为粪肠球菌(Enterococcus_faecalis)、表皮葡萄球菌(Straphylococcus_epidermidis)、微黄奈瑟菌(Neisseria_flavescens)和奇异劳特罗普菌(Lautropia_mirabilis)；control-CAP组为产黑色普氏菌(Prevotella_melaninogenica )、肺炎支原体(Mycoplasma_pneumoniae)和殊异韦荣球菌(Veillonella_dispar)。ICH组SP的标志性菌种为口普氏菌(Prevotella_oris )和口腔链球菌(Streptococcus_oralis )，control-CAP组为肺炎支原体(Mycoplasma_pneumoniae)、产黑色普氏菌(Prevotella_melaninogenica)、婴儿链球菌(Streptococcus_infantis)和泛口腔链球菌(Streptococcus_peroris)。ICH组BALF标本的标志性菌种为龋齿放线菌(Actinomyces_odontolyticus)，control-CAP组为肺炎支原体(Mycoplasma_pneumoniae)。
7、Spearman相关性分析显示，shannon指数与PSI分级有弱相关性，指数越小，病情越重(菌属水平相关系数-0.139，P=0.023，菌种水平相关系数-0.167，P=0.006)；普氏菌属(Prevotella)的相对丰度与PSI分级有相关性，丰度越低，病情越重(相关系数-0.149，P=0.016)；葡萄球菌属(Staphylococcus)、乳酸菌属、不动杆菌属的相对丰度与PSI分级有相关性，丰度越高，病情越重(相关系数分别为0.158、0.231和0.194，P值分别为0.010、＜0.001和0.001)。
【结论】
1、免疫抑制宿主社区获得性肺炎的病原学与免疫正常宿主不同；
2、免疫抑制宿主的呼吸道菌群存在菌群紊乱，与免疫正常宿主存在差别。
3、呼吸道菌群与疾病严重程度有相关性。
随着肿瘤和自身免疫疾病的治疗手段增多及实体器官移植与造血干细胞移植的开展，免疫抑制宿主日益增多,而肺炎是导致免疫抑制宿主死亡的重要原因，病原学需重点考虑呼吸道定植菌如革兰阴性杆菌或特殊病原体感染的可能性，混合感染常见。研究发现肺炎人群与健康人群之间的呼吸道微生物菌群存在差异，免疫状态对肺炎呼吸道菌群的影响不明。
【目的】
探讨：①不同免疫状态时发生的肺炎，呼吸道菌群特征是否不一致？②肺炎时上下呼吸道的微生物菌群是否不一致？③呼吸道菌群与疾病严重程度或转归是否有相关性？
【方法】
采用前瞻性调查方法，入组免疫抑制宿主CAP(ICH-CAP)、免疫抑制宿主HAP(ICH-HAP)、免疫正常宿主CAP(control-CAP)病例，收集一般资料和临床特征，采集咽拭子(NS)、痰液(SP)、肺泡灌洗液(BALF)，应用宏基因组二代测序(mNGS)行呼吸道菌群检测，应用R语言行生物信息学分析。
【结果】
1、ICH-CAP组的混合感染率最高，control-CAP组单纯细菌感染率最高，三组差异有统计学意义(P＜0.001)。
2、所有患者NS的微生物序列数(RPM)、shannon指数最高，SP次之，BALF最低，三个标本类型的两两比较差异均有统计学意义。ICH-CAP、ICH-HAP、control-CAP三组内不同标本类型RPM的两两比较差异有统计学意义。
3、ICH-CAP、ICH-HAP和control-CAP三组BALF标本的优势菌属分别为肠杆菌属(Enterobacter)、链球菌属(Streptococcus)和普氏菌属(Prevotella)，优势菌种分别为阿斯布肠杆菌(Enterobacter_asburiae )、婴儿链球菌(Streptococcus_infantis)和肺炎支原体(Mycoplasma_pneumoniae)。
4、ICH-CAP组NS、SP和BALF的优势菌属分别为链球菌属(Streptococcus)和普氏菌属(Prevotella)、链球菌属(Streptococcus)、肠杆菌属(Enterobacter)，ICH-HAP组中，NS和SP的优势菌属为链球菌属(Streptococcus)和奈瑟菌属(Neisseria)，BALF优势菌属仅为链球菌属(Streptococcus)。control-CAP组NS和BALF的优势菌属均为普氏菌属(Prevotella )，SP为链球菌属(Streptococcus)。
5、LEfSe显示ICHNS标本的标志性菌属为：劳特普罗菌属(Lautropia)、葡萄球菌属(Staphylococcus)；control-CAP组为普氏菌属(Prevotella)、韦荣氏球菌属(Veillonella)和支原体属(Mycoplasma)。ICH组SP无标志性菌属，control-CAP组为支原体属(Mycoplasma)。ICH组BALF的标志性菌属为放线菌属(Actinomyces)，control-CAP组为支原体属(Mycoplasma)。
6、LEfSe显示，ICHNS标本的标志性菌种为粪肠球菌(Enterococcus_faecalis)、表皮葡萄球菌(Straphylococcus_epidermidis)、微黄奈瑟菌(Neisseria_flavescens)和奇异劳特罗普菌(Lautropia_mirabilis)；control-CAP组为产黑色普氏菌(Prevotella_melaninogenica )、肺炎支原体(Mycoplasma_pneumoniae)和殊异韦荣球菌(Veillonella_dispar)。ICH组SP的标志性菌种为口普氏菌(Prevotella_oris )和口腔链球菌(Streptococcus_oralis )，control-CAP组为肺炎支原体(Mycoplasma_pneumoniae)、产黑色普氏菌(Prevotella_melaninogenica)、婴儿链球菌(Streptococcus_infantis)和泛口腔链球菌(Streptococcus_peroris)。ICH组BALF标本的标志性菌种为龋齿放线菌(Actinomyces_odontolyticus)，control-CAP组为肺炎支原体(Mycoplasma_pneumoniae)。
7、Spearman相关性分析显示，shannon指数与PSI分级有弱相关性，指数越小，病情越重(菌属水平相关系数-0.139，P=0.023，菌种水平相关系数-0.167，P=0.006)；普氏菌属(Prevotella)的相对丰度与PSI分级有相关性，丰度越低，病情越重(相关系数-0.149，P=0.016)；葡萄球菌属(Staphylococcus)、乳酸菌属、不动杆菌属的相对丰度与PSI分级有相关性，丰度越高，病情越重(相关系数分别为0.158、0.231和0.194，P值分别为0.010、＜0.001和0.001)。
【结论】
1、免疫抑制宿主社区获得性肺炎的病原学与免疫正常宿主不同；
2、免疫抑制宿主的呼吸道菌群存在菌群紊乱，与免疫正常宿主存在差别。
3、呼吸道菌群与疾病严重程度有相关性。