我国是养殖大国，重大动物疫病时有发生。长期存在的禽流感、猪流感、猪链球菌、猪繁殖障碍综合征等疫病给我国养殖业带巨大损失。特别是近年来禽流感病毒以及猪链球菌感染人事件的发生，使人们在关注疫情暴发对农业以及经济带来的损失之外，更加关心这些疫病对人生命安全的严重威胁。对这些疫病的流行病学调查、跟踪以及病原学研究愈加重要，不但能为准确预测疫病流行趋势提供理论依据，而且能为疫病的有效防控奠定基础。因此，本研究开展了针对猪流感病毒、禽流感病毒、猪链球菌的流行病学调查和病原学研究，了解病毒在不同宿主之间的传播、进化以及流行菌、毒株的遗传背景。　　 2005年青海湖地区发生野生鸟类H5N1亚型高致病性禽流感疫情在全球范围内引起广泛关注，针对野生鸟类的大规模血清学监测也在很多国家相继开展，但对于这一病毒发生了什么样的变化导致病毒杀死它的储存宿主，以及病毒同其野生鸟类宿主之间的平衡关系是否已经被打破还不十分清楚。为更好了解这个病毒的特性，我们将青海湖候鸟分离株进行了鸭体连续传代试验。通过传代试验我们发现，青海湖病毒对野生水禽以及对鸭的致病力都非常强，并且十分稳定，在传代过程中并没有像一些高致病力毒株在鸭体传代后变为低致病力毒株，相反，在20次连续传代后依然保持高致病力，因此我们推测可能是一个鸭体进化来的病毒，并且很可能在自然界长期存在。此外，我们还发现，NS1蛋白不但对病毒的毒力有影响，很可能还同病毒在不同宿主之间的适应有关系。传代过程中，只有NS1蛋白在鸭体适应过程中引入了Va123Ala和Leu207Pro两个有义突变，而最容易发生变化的HA和NA却没有引入任何突变。根据已发表的NS1晶体结构对Va123Ala传代突变株分析发现，如果23位为Val可能会降低NS1第一个螺旋结构的稳定性，从而可能影响到NS1同RNA的结合能力，而突变为Ala后则会消除这种不稳定因素。因此经过鸭体适应后病毒NS1的23位的Val突变为Ala，说明病毒在逐渐适应，变得更加稳定。研究表明，NS1蛋白个别位点的突变或缺失可提高禽流感对细胞因子的抵抗力。在我们的研究中，虽然病毒致病力没有发生非常大的变化，但病毒对鸭致病的平均死亡时间还是有延长趋势，并且根据蚀斑形成试验，带有Leu207Pro的NS1传代突变株形成的蚀斑明显小于原代病毒。但是，对于这两个NS1的点突变对病毒致病力的可能影响还需要进一步的试验数据证实。　　 2003年李海燕等首次在福建地区的猪群中分离到H5N1亚型禽流感病毒，引起世界范围内的广泛关注。但是否该病毒已经具有了跨种间传播的能力，能否在哺乳动物之间传播以及猪群是否感染了H5N1禽流感病毒等问题还不明确，因此对猪群中H5N1流感病毒的监测分析和追踪尤为重要。我们分别对2004年和2007年福建9个地区的养猪场进行了血清学监测，在1407份血清中，没有检测到H5N1亚型阳性抗体，说明H5N1病毒并没有在猪群中广泛传播，只是在一些地区偶然感染发生。与其它研究报道一样，福建地区猪群感染H1和H3很普遍，H1阳性率47％(652份)，H3阳性率28％(394份)，其中H1占有绝对优势，连续两年的阳性率都在50％左右。此外，在连续两年的调查中，我们都检测到了H9阳性抗体，虽然阳性率不高，但考虑其重要的公共卫生意义，H9N2亚型流感病毒在福建猪群中的流行情况仍值得关注。从我们的研究结果看，我国猪群中猪流感(SIV)的流行形式日趋复杂，迫切需要建立长期有效的监测体系，以掌握猪流感的流行和和遗传进化情况。同时，还要不断加大对猪流感病毒流行情况的调查研究，及时发现新的猪流感毒株，为猪流感的有效防控提供可靠的流行病学资料。　　 1998年和2005年暴发的两次人感染猪链球菌疫情引起很大范围的关注，而江苏地区作为中国最早报道人感染猪链球菌引起中毒性休克的老疫区，猪链球菌流行情况的研究报道却很少。我们收集了江苏地区1998年到2007年间的21株分离株，从时间跨度上了解猪链球菌强致病力毒株的流行分布情况。我们通过MLST检测发现，从1998年到2007年，猪链球菌在江苏地区猪群中持续存在，且在遗传背景上也有其明显特点：基因型上都属于一种新的强致病力基因型ST7型，并且同时带有全部主要毒力因子，进一步研究发现，中国猪链球菌强菌株所特有的89K毒力岛从1996年以来在江苏地区的流行菌株中持续性存在。