研究疾病之间的关系对于发现疾病间共同的疾病机理及发现新的药物靶点有重要的意义。不同于现有的根据疾病之间共享致病基因或共享临床特征的研究方法,本文通过对疾病相关功能的研究来发现疾病之间的关系。 首先,通过高质量的蛋白质互作数据寻找与疾病相关的蛋白质复合物,然后,应用功能富集分析找到疾病相关的功能,最终通过一种无偏的功能相似性指标NSS建立疾病组功能关系网络。我们发现疾病之间的功能关系与疾病之间的临床相似性具有很高的相关性,而且疾病之间的功能关系网络更具有模块化趋势,可以将疾病划分为功能上紧密联系的类。通过聚类我们找到了20个疾病组功能模块,在同一疾病组功能模块中的疾病趋向于富集于同一种疾病。在20个模块中,有两个模块富集了癌症疾病,癌症与模块中的其它疾病有紧密的功能关系,为研究癌的发生机制提供了新线索。