中国加入WTO后,我国经济的发展逐渐与全球经济接轨。而农业是我国发展的重点,为了更好的发展农村经济,实现农产品市场的蓬勃发展,我国农产品市场必然会选择跟国际接轨。这样我国农产品的发展能够更好的利用国际资源以及跟农产品相关的先进技术。纵观全球农业经济,信息化和电子商务是农业繁荣有效手段。因此,为加快我国农产品流通,农产品电子商务成为政府或者企业的必然选择。但是,我国面临着这样的一个现实——农产品电子商务晚于西方国家,实践明显先于理论。虽然我国农产品电子商务处于初级阶段,但是作为一种新的业态,在农产品电子商务逐渐成熟后,其能够更好的提高我国农产品的流通效率以及其国际竞争力。本文在查阅以及研读大量的文献及相关的书籍的基础上,采用定性与定量相结合、文献综述法、问卷与统计数据相结合以及模型优化等方法,在交易成本、消费者行为等相关理论的支撑下,通过现有研究报告以及实地调研,总结出我国生鲜农产品电子商务发展的现状,剖析其影响因素,进而分析生鲜农产品电子商务运营模式中存在的问题,并探究产生这些问题的缘由。在此前提下采用实证分析,选取企业对其供应模式、仓储系统、物流系统、配送方式等进行系统的分析。并与现阶段发展较好的生鲜农产品电子商务运营模式进行比较,从中总结经验与教训,在此基础上对实证企业的运营模式进行优化,利用灰色预测模型检验其优化结果;随后,以菜管家运营模式的优化引深整个生鲜电商行业模式的优化。主要实施方案是笔者在分析所研究课题在现有情况下,对生鲜农产品电子商务的运营模式总结出了层次模型,即基础层、核心层、支撑层,并分别对每一层次包含的内容及怎么运营进行了简要的概述。在文章的结尾,笔者根据前文模型的优化针对生鲜农产品电子商务运营模式提出了相应的建议以及保障措施,使生鲜农产品电子商务运营模式更加的合理化,使生鲜农产品电子商务的发展愈加健康有序。本文主要是以一个具体的企业或者一个“点”为切入点来研究整个生鲜农产品电子商务运营模式的建设。在本文的研究过程中,不仅有交易成本理论、消费者行为理论为支撑,更进行了大量的实地调研,最后结合物流、供应等方面来对整个生鲜农产品电子商务运营模式进行优化,以使生鲜农产品电子商务更好的发展,促进农业经济的发展,让农业不再是国民经济的薄弱环节。