随着海峡两岸实现了海上客货直接运输，在两岸经贸取得巨大成效的同时海商海事纠纷也日趋频繁。扣船制度对保护高风险的航运业以及对外贸易实业的发展起着重要作用，航运当事人在发生纠纷后为了保障其债权实现而申请扣押船舶在所难免。两岸关于船舶扣押的法律制度规定存在较大差异：如大陆以单行法形式集中规定该制度，而台湾地区对该制度的规定散见于各单行法中；两岸对于船舶扣押制度中债权人何时能够提出扣押船舶的申请、在何地提出、提出需要的担保方面大陆的规定也不同；台湾对于海事请求权、申请理由、如何核准债权人的担保金等方面并无具体规定，大陆地区的《海事诉讼特别程序法》中做了详尽规定等。正因为两岸在船舶扣押制度规定上的差异，给航运当事人纠纷发生后如何利用该制度保护其权益带来诸多问题。比如，申请人应当如何选择船舶扣押的管辖法院；扣船法院的管辖与实体案件管辖发生分离时扣船的效力是否及于实体案件审理的判决；因两岸法律对于扣船制度的规定或松或紧，是否影响申请人择地行诉；在两岸不同法院申请扣船时在申请扣船的时间上、情形上、程序上有哪些不同，是否需要提供担保以及怎样提供担保等诸如此类的问题亟需解决。因此，本论文从问题导向入手，试图对以上问题进行研究并提出一些建议。全文分三章。第一章对两岸船舶扣押法律制度进行概述，共三节，分别探讨了立法概况、法律性质以及扣押船舶请求权基础。台湾地区关于海事诉讼程序的规定并未以特别法形式做出整体立法，而是散见于“海商法”、“民事诉讼法”以及“强制执行法”中的有关章节。大陆主要以《海事诉讼特别程序法》为主，该法参考了相关的国际海事公约，内容体系较为完整。这两种立法模式的不同，在法律适用上会对当事人引起一些矛盾。两岸最大的区别在于台湾地区并不以海事请求权作为提出船舶扣押的前提，并且将该制度的性质界定为对人诉讼；与此相反，大陆将海事请求权作为行使扣押船舶的起点，并把扣船认定为以对物诉讼为主兼对人诉讼的性质，大大增加了实现扣船的可能性。第二章对两岸扣押船舶的管辖权进行分析，共三节，分别论述了两岸管辖权的分配、冲突及其解决。大陆将船舶扣押的管辖权法院限制为海事法院，虽然台湾并未设置专门的海事法院，但在普通法院内部设立了国贸海商专庭对海事海商案件进行管辖和审理。两岸都以属地原则作为管辖的依据，即船舶所在地的法院有权实施扣押船舶。本章分析了两岸在船舶扣押时所产生的管辖权冲突，主要包括两岸法院因扣押船舶而取得实体管辖权可能引发的平行诉讼以及民事判决的承认与执行等问题。在本章的最后提出解决这些冲突的原则和具体方法。第三章主要从两岸船舶扣押的具体程序进行比较研究，共三节，分别比较了程序的启动、审查、裁定、救济及海事担保问题。第一节对扣押船舶的申请人与被申请人、可扣押船舶的范围进行比较，大陆将海事请求权作为提出的前提，而台湾则在时间上给予限制。第二节对法院作出扣船申请的裁定、执行及扣押船舶后的法律程序分析了存在的差异，比如对于扣船裁定的救济程序，大陆允许当事人申请复议，台湾当事人可以通过异议、抗告等救济程序保护其合法权益。第三节重点对扣押船舶中的担保问题进行了阐述。