大学科技园作为国家创新体系的重要组成部分，是高新技术企业的孵化基地，也是高校实现科研成果转化的重要平台。它在培养创新创业人才、增加地方就业、转变产业结构以及促进经济增长等方面发挥了积极的作用。目前，对于大学科技园的研究较多是从功能定位、发展模式及运行机制、创新能力的内涵和创新指标体系的构建等方面进行分析，且主要侧重于定性分析，而从实证的角度分析大学科技园创新效率和影响因素的评价则相对较少。　　本研究在对相关理论进行回顾的基础上，运用两阶段共同边界DEA模型，一方面将国家大学科技园创新过程分为招商引资阶段和经营阶段两个前后关联的阶段，另一方面在考虑技术差距的基础上，将中国国家大学科技园分为东部地区和中西部地区两个组群，并对这两个地区的国家大学科技园2009~2012年的创新效率进行实证分析。研究发现：中国国家大学科技园创新系统具有两阶段关联特征，招商引资阶段和经营阶段的低效率造成了国家大学科技园综合创新效率的低下，并且经营阶段效率的平均值要高于招商引资阶段，而造成这两个阶段综合效率低下的原因是招商引资阶段的投入冗余和经营阶段的产出不足。从地域上来看，主要呈现出东部地区的创新效率要高于中西部地区的格局。最后本文从风险投资体制、管理体制及运行机制、创新服务支撑体系和政策环境的创建这四个方面提出相关的政策建议。