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艾滋病(AIDS),即获得性免疫缺陷综合症,是由人类免疫缺陷病毒(HⅣ)慢性感染而引起。自1981年发现第一例艾滋病病人以来,AIDS已发展成严重危害人类健康的全球性流行病。HIV-1一个重要的生物学特性是基因序列的高度变异性,使得HIV-1在传播过程中产生了许多亚型和重组型,并具有时间性和地区性的分布特征。目前,云南省静脉吸毒人群仍是我国艾滋病感染率最高的人群之一,并以此为中心向普通人群扩散。鉴于云南省在我国HIV-1流行病学中的特殊地位,研究现时段云南省HIV-1的分子流行病特点,不仅有助于了解HIV-1传播规律,预测将来的流行态势,对HIV-1感染的预防控制以及疫苗的研制也具有重要意义。本研究利用简单快速的RT-Nested-PCR方法对来自云南省大理和开远的42例HIV-1毒株分gag-(P17-P24)、gag-Prot、RT三个区段分别进行扩增,扩增长度分别为1160bp,885bp,1010bp。最终得到有效基因序列gag-(P17-P24)为31份(73.8%),gag-Prot为41份(97.6%),RT为30份(71.4%)。将有效基因序列分段或拼接得到P17、P24、Pr、RT、P17-P24、P17-Pr、Pr-RT和P17-RT8个区段序列,分别进行系统进化分析。比较分型结果显示：无论是单独利用P17、P24基因区段还是联合P17-P24基因区进行亚型鉴定都存在一定的局限性,尤其对同源相似性较高的目的基因序列缺乏有效的区分能力；基于Pr、RT、gag(P17-Pr)、gag-pol(Pr-RT)基因区的测序分型方法能够相对稳定有效的鉴定一般亚型和中国流行的两种主要B’/C重组型,但对于形成复杂重组结构的毒株却无法准确的鉴定。基于P17-RT长约2.6kb的基因区域进行测序分型则是全长测序较好的替代方法,因为这个基因区包括了我国主要流行的CRF07和CRF08-BC重组毒株截然不同的重组位点,对于实验室小工作量的研究中,足以确定所有HIV-1亚型和我国主要的重组型。本研究在建立P17-RT基因区有效分型的基础上,对42份样本进行基因亚型分析发现：HIV-1在云南省静脉吸毒人群中以CRF08-BC重组模式为主要的流行型(开远,50.0%；大理,92.3%),却很少发现CRF07-BC(7.1%),另有6例样品是介于CRF07和CRF08-BC重组模式之间,经不同基因区的分型结果均有所不同,暂时命名为URFs-BC,占样本总数的14.3%。为进一步研究云南省静脉吸毒人群中HIV-1重组毒株的断点分布情况,我们重点分析了27例样品高度保守的gag-pol (2.6kb)基因区,通过Simplot软件分析,得出以下结论：CRF08_BCs和CRF07_BCs重组毒株在高度保守的gag-pol区仍以C亚型为主要骨架,在其不同位置上插入了两段和三段来自中国B’亚型的重组片段。而6个独特重组型(URFs)各有不同的重组形式,并且出现了明显的CRF07和CRF08-BC重组的相对重组断点。毒株DL310在2448-2472nt、3109-3207 nt、3250-3372 nt分别出现了三个可能的重组断点。毒株KY104的两个相对重组断点出现在1534bp-1619 nt和1654-2134 nt。KY137毒株的两个重组断点,分别位于1612-1619 nt和1654-1968 nt。毒株KY117的断点位于1612-1619 nt、2170-2188 nt、2617-2943 nt、3069-3255 nt; KY118的断点出现在1425-1507 nt、2067-2134 nt、2617-2712 nt、3207-3255 nt.毒株KY139相对重组断点位于2067-2092nt、2397-2511 nt和2601-2616 nt.进一步分段进化树和Information sites分析验证,绝大多数重组片段的Bootstrap值相对高于70%,并且Chi-Square (Pearson)检验均具有显著统计学意义,充分证实这6例URFs-BC毒株2.6kb的基因序列是在流行于中国的CRF07、CRF08-BC重组型的基础上,发生二次重组而成。综上所述,本研究建立了简便而有效测序分型方法,基于该方法我们对现阶段云南省静脉吸毒所致HIV-1感染人群的流行现状进行了较为系统的研究,为HIV-1感染者的药物治疗、预防控制措施的制定以及疫苗的研究提供了重要的分子流行病学资料。