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【目的】1.初步建立非小细胞肺癌的差异蛋白表达谱:分离NSCLC患者的癌组织和癌旁组织蛋白质,建立不同分期、不同病理类型的非小细胞肺癌组织二维电泳凝胶图谱,并对其中差异蛋白质斑点进行初步质谱鉴定;2.初步建立以蛋白质表达为指标的NSCLC预后评价模型,寻找NSCLC外科治疗的预后因素:在相同TNM分期和病理类型的基础上,以非小细胞肺癌患者的肿瘤组织和癌旁组织、正常肺组织的二维凝胶电泳图谱相对照,筛选出有差异的蛋白表达点,以质谱定性,确定蛋白质种类,再检测已接受手术治疗的肺癌患者的组织样本中此蛋白质的表达情况,联合患者的存活时间做出统计学分析,找出对预后有评价意义的因素。【方法】以比较蛋白质组学为研究方法,利用二维凝胶电泳分离60例组织样本中的蛋白质;使用Image Master elite 3.10软件分析凝胶中蛋白质表达差异,对差异蛋白质进行MALDI-TOF-MS质谱鉴定;应用DAKO HercepTest试剂盒,对105例外科切除、病理诊断为鳞癌和腺癌的组织标本的HER-2/neu蛋白的表达情况进行检测,并通过随访资料,使用COX风险模型进行生存分析,找出与预后相关的因素。【结果】1.对于Ⅰ期鳞癌的组织样本,癌组织中上调表达的有MDM2蛋白、热休克蛋白70(HSP70)、HER-2蛋白、热休克蛋白27(HSP27)、半乳凝素蛋白(galectin 1)、核FMRP相互作用蛋白1(nuclear FMRP interacting protein 1)、钙粒蛋白B (calgranulin B)、血红蛋白(hemoglobin)等9种蛋白质,下调表达的有ATP合成酶、神经元特异性转录因子(neuronal specific transcription factor)、微管蛋白(microtubule protein)、锌指蛋白(zinc finger protein)、丙糖磷酸异构酶(Triose -phosphate isomerase)、晶体蛋白α(crytallinα)等6种;2.Ⅰ～Ⅲ期鳞癌、Ⅰ～Ⅲ期腺癌这6组中,癌组织与癌旁组织共同存在的差异点为HER-2蛋白;3.回顾性研究发现,105例鳞癌和腺癌患者中,53%存在HER-2过度表达(56/105),47%为非过度表达(49/105)。【结论】1. HER-2蛋白的表达程度是Ⅰ～Ⅲ期鳞癌和腺癌外科治疗的独立预后因素,HER-2过度表达提示预后不良;HER-2蛋白有可能成为NSCLC治疗的新靶点;2.年龄、性别、病理类型(鳞癌或腺癌)是与Ⅰ～Ⅲ期鳞癌和腺癌外科治疗的预后无关的因素;3.对于Ⅱ期和Ⅲ期的鳞癌、腺癌患者,手术加术后辅助化疗的治疗方式较单纯手术更有益于患者术后生存。