福建与台湾隔海相望，血缘、地缘、文缘、商缘、法缘等“五缘”优势为福建借鉴台湾地区农业合作组织的先进经验提供了良好的基础条件。两岸关系和平发展和ECFA（两岸经济合作架构协议）签署执行为两岸农业合作带来良好的机遇。比较闽台农业合作组织的主要差异，分析其主要原因，对促进两岸农业合作，借鉴台湾经验发展福建农业合作组织具有重要的意义。本文以闽台农业合作组织作为研究对象，采用对比分析法，从表现形式、发展历程、功能定位、政策环境、运行效果五个层面分析闽台农业合作组织的差异，从政府职能定位、农业市场化程度和农业生产力水平三个方面探讨了当前福建农业合作组织存在的问题和不足，并将福建农业的实际情况与台湾农业合作组织发展先进经验相结合，提出促进福建农业合作组织发展的建议。论文的主要观点包括：（1）应从整个农业产业链或农业产销体系的角度来认识农业合作组织的作用。台湾农业合作组织已成为连接农户与市场的重要纽带、推广农业技术和教育农民的主要力量、农副产品流通的主要渠道和现代农业发展的主要载体。（2）由于农业生产力发展水平、市场化程度以及政府定位等方面的不同，闽台农业合作组织在功能定位、政策环境和运行效果等方面存在较大差异。（3）如想将台湾经验应用于福建农业发展的实际：需要从科学定位政府职能，提高农业合作组织管理的独立性和民主性；完善农业市场环境，提高生产资料的流动性；推动农业科技创新，提高生产力水平等方面着手。