珠海市的供水水库主要为中、小型水库，流域面积相对较小，自然集雨无法满足供水需求，因此，相当一部分水库从河道中调水入库。由于河水污染较为严重，水质较差，持续的调水将增加水库的营养盐负荷，致使水库水质恶化。本文采用营养盐状态指数法与浮游植物功能类群的分类方法，探究水库富营养化及其浮游植物群落结构的特征，并分析影响水库富营养化以及浮游植物群落差异的主要因子。结果表明：1）2006年、2013年珠海市18座中、小型水库均处于中营养水平以上。2006年调水型水库的营养状态水平高于非调水型水库，但差异并不明显；而2013年两类水库的营养状态水平出现了显著差异，调水型水库的营养状态水平显著高于非调水型水库；造成这种差异的主要因子为调水。2）研究表明，2013年1月，1b（大型甲藻类）、7b（小型羽纹纲硅藻类）等浮游植物功能类群在大部分非调水型水库中占据优势，反映了枯水期非调水型水库具有相对长水力滞留时间、水体可获得性光照较高的生境特点；而调水型水库枯水期水位较低，由于持续供水，水体稳定性差，营养盐浓度相对更高，主要以喜高营养盐浓度、混合程度较高水体的5a（丝状蓝藻类）、6a（大型中心纲硅藻类）、3b（空球藻属等）等功能类群为优势。2013年11月，大部分非调水水库的优势功能类群为1b、8a（大型单细胞鼓藻类）等，说明雨季结束初期非调水水库的水质较好；而为了抗咸调蓄，调水型水库在该时期大量河水入库，水体稳定性差，主要以5b、6a、4（蓝纤维藻等单细胞蓝藻类）等功能类群为优势。3）研究表明，在枯水期末，影响城市水库浮游植物功能类群差异的主要环境因子为供水强度与总氮浓度；在丰水期末，影响各水库浮游植物功能类群差异的主要环境因子则为入库调水与可溶性氮浓度。分析发现水力滞留时间同样对浮游植物功能类群分布起着重要的作用，说明调水和供水主要通过影响水库的水动力学特征以及营养盐水平，从而最终影响浮游植物的群落结构。