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氨氧化细菌（AOB）和氨氧化古菌(AOA)在自然界氮循环中发挥重要作用，堆肥化过程中AOB和AOA多样性和作用机制研究是国际上研究热点。为了揭示AOB和AOA在堆肥化过程中氨氧化过程中的作用，本试验以牛粪为主要原料，以草坪草、稻糠为调理剂，三者按体积比5:4:1混合，在室外进行条垛式堆肥试验。利用分子克隆技术、PCR-DGGE，QPCR技术，对翻堆处理、不翻堆处理和翻堆加铵态氮处理堆肥化过程中升温期(4d)、高温期(10d)、降温期(30d)、腐熟期（60d）的AOB和AOA的多样性、相对数量进行了分析，结果如下：1、采用amoA特异性功能基因引物对堆肥环境中的氨氧化菌群的功能基因片段进行扩增，分别扩增到了AOA和AOB的功能基因，AOA功能基因片段为610bp，AOB的功能基因片段为490bp。2、利用克隆技术对堆肥中的升温期（4d），高温期（10d），降温期（30d），腐熟期（60d）的四个时期的AOA和AOB建立克隆文库，研究发现在本堆肥试验的4个时期中只在腐熟期时才有AOA功能基因的出现，其它时期未发现AOA，根据不同的堆肥时期建立AOB文库，从各时期的核酸测序结果来看，堆肥中的AOB分为Nitrosomonas和Nitrosospira两个属。3、采用DGGE技术对翻堆处理的4个堆肥时期的AOB的变化趋势进行分析，发现在整个堆肥周期的AOB种类随着温度的升高或降低在不断变化，升温期AOB的种类比较丰富，出现8条条带，高温期该菌种类多样性下降，仅有4条，降温期AOB的多样性又开始丰富起来，为9条，腐熟期出现8条条带，堆肥体系中的温度已接近环境温度，AOB的多样性趋于稳定，通过DGGE技术发现的条带所代表的AOB全部属于Nitrosomonas属。4、研究结果表明氨氧化细菌在不同时期的数量有较大变化，在堆肥翻堆处理、不翻堆处理和翻堆加铵态氮处理各时期，氨氧化细菌的数量在高温期最高分别为9.2×10~5、5.8×10~52.0×10~6个／μlDNA)；在升温期数量最低（2.3×10~5、1.1×10~5、9.0×10~5个／μlDNA）。翻堆处理的AOB数量明显多于不翻堆处理，对堆肥过程中各时期AOB数量与堆肥理化参数分析结果表明，堆体温度、氨态氮和硝态氮对氨氧化细菌数量有着显著的影响，前2个因子更是达到了极显著水平。这些参数的有效控制对农业废物好氧堆肥过程中氨氧化细菌活性的调控具有重要的意义。