人巨细胞病毒UL136基因在临床低传代分离株中多态性分析

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目的 人巨细胞病毒(Human cytomegalovirus,HCMV)是引起宫内感染进而导致婴儿先天性发育畸形的常见病原。HCMV感染可引起不同的临床表现,其发病机制不清,可能与宿主的体液和细胞免疫状态有关,亦可能与不同临床分离株基因及其编码产物的多态性有关。资料表明,HCMV UL/b’区在临床低传代分离株和实验室株中表现出极大的遗传多态性。本文主要研究该区基因之一UL136在临床低传代分离株中的多态性,探讨其多态性与HCMV先天性感染不同致病性之间的关系,力图为揭示该基因编码产物的功能及先天性HCMV感染的致病机理奠定分子基础。 材料与方法 一、标本来源 48株低传代临床分离株均来自1988-1993年我院住院患儿,年龄(14个月,其中黄疸28株,小头畸形11株,先天性巨结肠9株。标本取自病毒分离实验,-70℃保存。低传代分离株传代少于10次。2000年应用荧光定量PCR方法检测HCMV-DNA,结果均为阳性。 二、实验方法 1、标本处理 取HCMV低传代分离株细胞培养上清液与等量裂解液混匀后,煮沸15分钟,提取DNA,作为扩增模板。 2、引物设计 按照Toledo株序列,应用引物设计软件primer premier5.0设计用于扩增HCMV UL136基因的全序列引物和鉴定引物。 全序列引物 上游引物 UL136ca:5’TCGGACATCGAGGAACTCI’tvi 3’ 下游引物UL136Cb:5’GTGCCAGTGGTAAGCCAGATA3’ 鉴定引物 上游引物 UL136UI:5’GAATGTCGGCTACGGGTG 3’ 下游引物 UL136DI:5’TGTCTCGCCAAC’I’GTCTG 3’ 下游引物 UL137DI:5’TCACGCCGATGAGGGTA 3’ 3、UL136基因PCR扩增 PCR循环条件如下:预变性95℃,4分钟;96℃变性45秒,55℃退火1分钟,72℃延伸至分钟30秒书个循环;72℃终延伸,10分钟。*5%经漠化已锭染色的琼脂糖凝胶电泳后,紫外检测仪下观察扩增结果。 4、凝胶回收 应用PCR目的基因片段回收试剂盒对扩增阳性PCR产物进行凝胶回收,纯化目的DNA片段。 5*CR阳性扩增产物测序 6、序列分析 应用软件 DNAClub,BioEdit,Genedoc,DNASis,DNAStar完成序列分析。 7、序列提交 用Setwn软件向 GenBank提交整理后的HCMV UL136 ORF序歹。 实验结果 一JCR扩增结果 对 48株低传代临床分离株进行 HCMV UL136全序列 PCR扩增,结果18株阳性,阳性率37.5%,其中黄疽12株,小头畸形4株,先天性巨结肠2株。 ·2· 二月136基因编码区及编码产物氨基酸序列的多态性 \* 株临床低传代分离株UL136 ORF长度均与TOedo株相同,为 723hp,预测编码 241个氨基酸的蛋白。 2山NA序列变异均为核耷酸替换,无插人和缺失突变。 3、不同临床分离株UL13。5基因与ToedO株进行同源性比较,结果在核着酸水平为97.7%-99.3%,氨基酸水平为96.6%-99.二%。UL136编码蛋白的氨基酸变异率为0.83%-3.3%。 4、氨基酸变异位点多集中于序列中部,两端变异较少。 5、绝大多数氨基酸变异为非保守替代,改变了氨基酸的极性和电荷。 6、半既氨酸在三个位点存在变异。 三JL136编码蛋白翻译后修饰位点分析结果 翻译后修饰位点散在分布于整个氨基酸序列。大多数HCMVUL136蛋白翻译后修饰位点在所有分离株中均高度保守,仅三个位点在一些分离株中存在缺失或新增。 四刀L136编码蛋白性质预测结果 预测UL136编码蛋白分子量约为27.3kD,等电点为7.54-8.sl,为弱碱性蛋白。7株临床分离株在175-185位之间氨基酸序列形成一个新的转角,导致 UL136蛋白H级结构预测分为两种构象。 五、ToledO株及18株临床分离株核着酸及氨基酸序列系统进化树分析结果 未发现不同临床分离株UL136基因多态性与HCMV先天性感染不同疾病表现的关系。 本 论 人巨细胞病毒基因组表现极大的遗传多态性,这种株依赖的多态性可能与HCMV感染的组织细胞嗜性、毒力及免疫逃避机制 ·3·有关。人们曾推测,HCMV在体内广泛的组织分布可能与主要包膜糖蛋白gB基因的多态性有关。根据gB蛋白基因断裂区PCR产物的限制性片段长度多态将其分为4个基因型。但目前尚未证实HCMV感染疾病表现与gB基因型有本质联系。 1999年,MacCormac等的实验结果表明:TOledo株及两株临床分离株存在与实验室株不同的细胞嗜性,说明决定HCMV感染受累细胞或器官不同的基因有可能定位于AD169等实验室株缺失的19个ORF’中。正是这些新基因编码产物在HCMV感染中可能存在的重要作用,促使我们去研究它们在不同分离株中多态性及其与致病性的关系。 对48株临床分离株进行了UL136全序列PCR扩增,阳性18株,阳性率 37.5%。阴性结果如果排除扩增条件的影响,可能为模板与引物结合区DNA序列不完全互补,亦不能完全排除UL
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