酵母基因组序列分析

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“人类基因组计划”的主要目标是测定人类的基因组的全部序列,进而阐明基因所处的位置、结构、功能、表达调控方式,以及重大疾病的致病机理。随着人类基因组全序列测序的完成,人们认识到破解人类基因组的碱基序列,并不意味着已经知晓生命的奥秘。模式生物(如酿酒酵母)具有结构简单、基因组小和基因组成少等特点,使模式生物基因组的研究更易于进行。因此,在基因组层次上研究酵母基因组可以为人类基因组研究提供积极的指导作用。本论文共包括四部分内容:第一部分:简单介绍酿酒酵母及其基因组的发展。第二部分:介绍了与本论文相关的生物学和统计学知识。第三部分:基于酿酒酵母全基因组序列数据,基因表达水平数据,以及基因编码蛋白质分类数据,建立了用于统计分析的数据库。第四部分:在酵母基因组层次上,统计分析了在细胞不同生长时期,基因功能和基因表达水平之间的关系,以及在各功能基因中基因表达水平与基因密码子偏性、GC含量、基因长度之间的关系。结果表明:在有丝分裂的不同时期,不同功能基因的分类表达水平不同,并且,与本时期生物过程相关的基因类较其他功能类有特异性表达。在全基因组中,表达水平均与序列特征参数显著相关。但是在不同功能类的表达与序列特征参数的相关性分析中发现,所有功能分类均与CAI和CBI有显著相关性,且相关性系数较全基因组偏高。但是并非所有功能类与GC含量和基因长度显著相关,且很多功能类的相关系数较低。
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