【摘 要】
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目的:本研究利用Label Free定量蛋白组学,分析衰老样品蛋白质组学的变化特点及规律,筛选差异蛋白,为衰老生物标志物的选择及衰老过程中代谢通路的变化机制提供参考。方法:秀丽隐杆线虫培养12天使其自然衰老;使用β-半乳糖诱导PC12细胞,以构建衰老模型。利用Label Free定量蛋白组学分析差异蛋白,使用R对蛋白组学数据进行DEG差异分析、GO富集和KEGG通路富集,筛选差异蛋白,通过PPI分
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目的:本研究利用Label Free定量蛋白组学,分析衰老样品蛋白质组学的变化特点及规律,筛选差异蛋白,为衰老生物标志物的选择及衰老过程中代谢通路的变化机制提供参考。方法:秀丽隐杆线虫培养12天使其自然衰老;使用β-半乳糖诱导PC12细胞,以构建衰老模型。利用Label Free定量蛋白组学分析差异蛋白,使用R对蛋白组学数据进行DEG差异分析、GO富集和KEGG通路富集,筛选差异蛋白,通过PPI分析并对其分子生物学功能进行评价并挖掘可能存在的衰老生物标志物。结果:衰老线虫模型中,共有差异蛋白419个;GO富集分析发现差异蛋白集中在细胞生长增殖及线虫繁殖功能;KEGG富集通路为自噬-动物和溶酶体通路;PPI分析高节点度蛋白为atg-13、unc-51。衰老细胞模型中,共有差异蛋白651个;GO富集分析集中在胞内细胞器内膜功能及离子传递功能;KEGG富集通路主要是神经退行性疾病相关通路;PPI分析高节点度蛋白中,Rpl19、Rpl27、Rpl29、Rpl35等核糖体蛋白占比最高,HDAC1、HDAC2、Tbp及Mphosph6等蛋白也有较高节点度。在两个衰老模型中的表达皆有差异的基因为RECQL、SUCLG1、TMCO1和GCH1。结论:本研究得到线虫差异蛋白419个,细胞差异蛋白651个。经过KEGG富集及PPI等分析,在线虫衰老模型筛选到atg-13和unc-51;细胞衰老模型中,Rpl19、Rpl27、Rpl29、Rpl35等核糖体蛋白占比最高;另外,Tbp、Mphosph6、Mrpl20、Polr2f等高关联度差异蛋白缺乏与衰老相关的研究,可以进一步研究这些蛋白质与衰老的关联。于两个衰老模型中的表达都有显著差异的蛋白中,SUCLG1和TMCO1在衰老方面的研究较少;GCH1已经被证实能影响帕金森病的发病,可能是有潜力的衰老生物标志物。
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