水资源是基础性自然资源，水资源的合理开发、高效利用、优化配置和科学管理，是社会经济可持续发展的重要保障。为适应经济发展对水资源管理提出的要求，加快实施水资源总量控制与定额管理制度，建设节水型社会，需要建设水资源管理系统，以提高水资源管理能力与水平，实现水资源管理向动态管理、精细管理、定量管理和科学管理的转变，加快水资源管理信息化进程。随着喀什噶尔河流域工业、农业的发展和人民生活水平的提高，水资源供需矛盾越来越突出，本文针对喀什噶尔河流域水资源管理系统的建设进行了需求分析，构建了管理决策系统，将其分为实时水情数据管理、地理信息数据管理、水情分析、水量分配决策系统、特枯水年应急预案、帮助六个子模块，针对性地研究了水量分配决策系统中农业水资源的配置，探讨了在限额用水下，农业用地表水及地下水对水资源配置的影响，以利用水资源管理系统实现限额供水管理。