【摘 要】
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RNA的二级结构在基因表达产物的成熟,调控和功能等各方面都发挥着非常重要的作用。RNA折叠的形式和频率的深入研究有助于理解在体内RNA是如何行使其生物学功能。随着近些年高
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RNA的二级结构在基因表达产物的成熟,调控和功能等各方面都发挥着非常重要的作用。RNA折叠的形式和频率的深入研究有助于理解在体内RNA是如何行使其生物学功能。随着近些年高通量测序技术的发展,化学修饰(或链特异性酶切技术)与高通量测序的紧密结合,使我们在全基因组水平上研究RNA的二级结构成为可能。通过分析拟南芥体内硫酸二甲酯(DMS)修饰位点的高通量数据,分别利用两种计算方法(PARS和Structure-seq计算方法)进行处理。结果发现,两组方法预测的RNA二级结构得出的结果具有比较一致的相关性。同时,第一次提出使用Index值来反映RNA被修饰的程度。基因GO富集分析表明,全基因组水平上Index值位于Top 10%的转录本主要富集在三个生物学过程：(a)响应外界刺激应答反应；(b)转运过程；(c)能量代谢过程。最后研究发现,RNA能够被miRNA靶定的区域的RNA二级结构平均得分,显著的高与同其上下游各50个核苷酸的区域的平均得分,表明miRNA靶定位置更容易形成单链结构。本论文通过生物信息学技术分析拟南芥体内RNA二级结构的高通量测序数据,对揭示RNA二级结构与功能的重要关系起到一定的促进作用。
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