环孢子虫（Cyclospora cayetanensis）是一种新现的肠道原虫，感染主要集中在旅游者、艾滋病人和呈地方性流行地区的居民，寄生于人肠道上皮细胞内，可引起人腹泻、肠痉挛、食欲减退等症状。1995年之前仅有散在环孢子虫感染的报道，1996至1997年间，北美地区有大规模的环孢子虫病暴发，共有2944个环孢子虫感染病例。自2000年以来，在美国、加拿大、英国、土耳其、哥伦比亚、南非等地区相继暴发，特别是2013年7月以来发生在美国的超过25个州的631个环孢子虫确诊病例，至少有49例由于严重腹泻危及生命而住院。我国于1995年首次报道环孢子虫感染病例，随后在云南、安徽、浙江等地均有环孢子虫感染病例报道。环孢子虫病的暴发造成了严重的经济损失，甚至危及生命，无论是发展中国家还是欧美发达国家，其流行越来越受到国内外学者的重视。为了解非人灵长类动物的肠道寄生虫的感染情况，本试验采用卢戈氏碘液染色法和饱和蔗糖漂浮法对收集的3234份粪便样品进行光学显微镜检查。结果有1748份检查到肠道寄生虫，总体感染率为54.05%。共检查到11种肠道寄生虫，其中感染率最高的为阿米巴原虫，其次为鞭虫和圆线虫。单虫的感染率最高为40.41%，两虫的混合感染率为11.66%，3虫及以上的混合感染率为1.98%，其中混合感染最高的寄生虫为阿米巴原虫和鞭虫。将收集的样品按照饲养方式不同分为野生型、圈养型和动物园型的饲养方式，其感染率分别为70.47%、55.99%和42.76%，不同饲养方式之间非人灵长类动物肠道寄生虫的感染情况具有统计学差异（p<0.01），野生型的猴类感染率最高。为建立流式细胞仪检测卡耶坦环孢子虫卵囊的方法，将环孢子虫卵囊液和阴性对照液按一定比例混合，分别制备不同浓度的卵囊液，同时设阴性对照组和空白对照组。各组分别经流式细胞仪筛选检测，每次分析的常量设定为20000个事件，选定聚集区域R1且在488nm光谱下能自发蓝色荧光区域R2的事件进行分析。结果显示，环孢子虫卵囊液浓度低于1048.6个/mL时，卵囊事件量与阴性卵囊液中杂质事件量无差异，流式细胞仪对环孢子虫卵囊量的平均检测限在34~90.8个之间，即流式细胞仪在检测临床患者粪便时，分析20000个事件，在设定的参数下，事件发生数在34~90个之间即可判定为疑似，事件发生数在91个及以上即可诊断为环孢子虫感染。为鉴定和比较2007-2013年期间河南省的显微镜检测到的84份环孢子虫分离株与GenBank上不同地区的环孢子虫分离株之间的进化关系，基于18S rRNA基因和ITS-1基因的PCR测序结果，采用clustal X和MEGA等生物学软件对其进行生物种系发育分析和同源性分析。18S rRNA基因种系发育结果显示，所有的人环孢子虫分离株均在同一分支上，且与已经提交的人环孢子虫分离株（AF111183）只有一个碱基差异。ITS-1基因的种系发育分析发现，从河南分离的人环孢子虫与从危地马拉，尼泊尔，秘鲁和海地等不同地区提交的环孢子虫ITS-1基因序列差异较大。同时也显示不同分离株之间的ITS-1基因序列具有较大的变异性。为了解河南省奶牛环孢子虫的感染情况，从河南省11个不同的奶牛场采集了1229份奶牛粪便样品，采用显微镜直接观察和饱和蔗糖漂浮方法检测。提取样品的基因组DNA进行18S rRNA基因部分序列的PCR扩增，为区分环孢子虫和艾美尔球虫，设计了一种限制性内切酶BSpE I进行限制性内切酶片段长度多态性(RFLP)分析与艾美球虫属区分。共发现44份阳性样品，环孢子虫的总感染率为3.58%，其中感染率最高为8周龄组，其感染率为9.6%。基于18S rRNA基因的种系发育分析表明，从河南省奶牛体内分离的环孢子虫与从广州分离的Guangzhou1株和从日本分离的Cyclospora sp. Oita株在同一个分支上。本次试验通过对奶牛环孢子虫病的流行病学和分子生物学的研究，为其生物学特性的进一步研究和防治奠定了理论基础。本次研究对我国部分地区非人灵长类动物肠道寄生虫的感染情况进行了调查，建立了流式细胞仪检测环孢子虫卵囊的方法，并对人环孢子虫和奶牛环孢子虫进行了分子鉴定和序列比对，以及种系发育分析。