新疆地区是我国畜牧业大省,奶产业在新疆经济中占有重要的地位,但随着新疆奶牛产业规模的不断扩大,奶牛乳房炎的流行严重制约了奶产业的发展,给奶牛业造成了严重的经济损失。本研究的目的是为了摸清新疆部分地区奶牛乳房炎乳汁中微生物群落的多样性和主要致病菌的流行情况,为奶牛乳房炎的防控提供参考。方法:1.分别从2个随机挑选的牛场采集临床型乳房炎奶牛乳汁样本和健康奶牛乳汁样本,对其进行细菌的16S r RNA基因V3-V4区的PCR扩增和高通量测序,分析临床型奶牛乳汁样本和健康奶牛乳汁样本中微生物群落的多样性,并比较二者之间的差异性。2.对7个奶牛场随机采集患有乳房炎的奶牛乳汁样本,采用常规方法和16S r DNA序列分析鉴定金黄色葡萄球菌和大肠杆菌。先用K-B纸片扩散法对分离株进行药物敏感性检测,再用PCR方法检测其毒力基因,用小鼠攻毒试验检测其致病性。结果:1.从6个临床乳房炎样本共获得25个门,47个纲,82个目,174个科,349个属;从2个健康奶牛乳汁样本共获得23个门,38个纲,61个目,125个科,212个属。在临床乳房炎样本中,优势菌群分别是变形菌门（Proteobacteria）、无壁菌门（Tenericutes）、厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、放线菌门（Actinobacteria）;在健康奶牛乳汁样本中,优势菌群是变形菌门（Proteobacteria）,其次是厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）。在属水平上,健康乳汁样本与乳房炎样本相比,检测到的优势菌群较少。2.从142份乳房炎样本中共分离出5株金黄色葡萄球菌和48株大肠杆菌,7个奶牛场有2个牛场检出并分离到金黄色葡萄球菌,分离率分别为7.14%（2/28）和8.82%（3/34）;药敏试验结果显示这些金黄色葡萄球菌对青霉素G、氨苄西林、链霉素、头孢他啶和阿莫西林的耐药率为60%～80%,对红霉素的耐药率为20%;分离株中共检出nuc、clfa、fnb B、eta、sea 5种主要毒力基因;小鼠攻毒试验结果显示各组小鼠均有死亡,死亡率在60%～100%。大肠杆菌的分离率为33.8%（48/142）;药敏试验结果显示大肠杆菌分离株对青霉素G的耐药率高达85.4%,对克林霉素、阿莫西林、氨苄西林、头孢唑啉的耐药率在40%以上;分离株中共检出iuc D、Fyu A、irp2、ast A、esc V、eae A、ler 7种毒力基因;小鼠攻毒试验结果显示各组小鼠均发生死亡,死亡率为60%～100%。结论,奶牛患乳房炎后菌群多样性变化显著,丰度明显升高,乳汁菌群结构分布和丰度会发生变化,说明菌群失调是临床乳房炎的特征之一。金黄色葡萄球菌分离率低,大肠杆菌分离率高,金黄色葡萄球菌分离菌耐药性不强,许多菌株携带多个毒力基因且具有很强的致病性。大肠杆菌分离菌耐药性强,菌株携带多个毒力基因,且所有菌株均具有较强致病性。