本研究以湖羊为研究对象,利用高通量测序技术筛选湖羊大花、中花、小花不同花纹羔皮毛囊中的差异表达miRNA,并对湖羊大花、中花、小花羔羊皮肤组织进行组织学分析；采集6组湖羊全同胞个体（每组大花、中花、小花各一只）的背侧部皮肤组织及毛囊,利用组织学方法和显微观察法研究湖羊羔皮毛囊的组织学特性,结合荧光定量PCR技术,检测差异miRNA在不同个体表达量与毛囊各指标的相关性,筛选出用于后续功能验证的重要miRNA,为进一步探究湖羊羔皮不同花纹的形成提供理论基础。本研究主要结果如下：1、通过高通量小RNA测序技术筛选出36个显著差异表达miRNA,其中小花与中花之间显著差异表达的miRNA有20个,中花与大花间有14个,小花与大花间有13个。在显著差异表达的miRNA中,包括了29个新预测的miRNA,7个已知的miRNA。对这些表达差异显著的miRNA进行靶基因预测,小花与大花间差异miRNA共预测到1008个靶基因,小花与中花间差异miRNA预测到4196个靶基因,中花与大花间差异miRNA预测到2062个靶基因,部分靶基因参与细胞增殖分化、新陈代谢、发育、细胞黏附、离子转运等生物学过程。进一步筛得miRNA-143、miRNA-10a、let-7c, miRNA-199a-3p、let-7i五个已知miRNA和W₀04080189.1₇961、NW₀04080184.1₆535、NW₀04080184.1₆326、 NW₀04080165.1₈572,NW₀04080166.1₉139、NW₀04080181.1₃961、NW₀40801/4.1_/26、 NW₀04080166.1₁0417、NW₀04080190.1₁3733九个新的miRNA共14个miRNA可作为与湖羊毛囊发育相关的重要候选miRNA。2、在14个候选miRNA中,miRNA-143在大小花间表达差异显著（P<0.05）, let-7i与NW₀04080190.1 13733在大中花间差异显著（P<0.05）, miRNA-10a、 NW₀04080184.1₆326、NW₀04080181.1₃961在中小花间差异显著（P<0.05）,NW₀04080165.1₈572在大中花、中小花间均显著差异；其余miRNA表达差异不显著（P<0.05）。miRNA-143相对表达量与大花次级毛囊数呈极显著负相关（P<0.01）,与小花次级毛囊数呈极显著正相关（P<0.05）；miRNA-10a的相对表达量与大花次级毛囊直径极显著正相关（P<0.01）,与小花次级毛囊直径显著负相关（P<0.05）; let-7i的相对表达量与大花初级毛囊直径显著正相关（P<0.05）,与中花初级毛囊直径极显著负相关（P<0.01）, NW₀04080184.1₆326, NW₀04080165.1₈572、NW₀04080181.1₃961以及NW₀04080190.1₁3733等在大、中、小花组的表达量也分别与大花次级毛囊直径、小花次级毛囊数、中花次级毛囊直径等指标存在相关性。其余miRNA虽然与毛囊相关指标也存在相关性,但鉴于其在大中小花组表达差异不显著,可将其排除在候选miRNA的选择范围之外。初步推测miRNA-143、miRNA-10a、let-7i、NW₀04080184.1₆326、 NW₀04080165.1₈572、NW₀04080181.1₃961以及NW₀04080190.1₁3733七个miRNA可作为对湖羊羔皮毛囊发育具有重要影响的候选miRNA,在后续试验中进一步验证。