基于NGS技术的无创性产前筛查的临床应用研究

来源 :中国医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:mibaoaiai
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目的:目前,我国每年出生缺陷率为5.6%左右,产前诊断做为二级预防措施,在降低出生缺陷率中具有重要作用。常规产前诊断手段包括超声检查,血清学筛查,介入性取材后进行遗传学诊断等。传统的介入性产前诊断有一定的流产风险,并可能出现宫内感染等并发症;血清学筛查准确度差,假阳性率可达到40%左右,许多孕妇因此而接受不必要的介入性产前诊断。为降低不必要的介入性取材引起的风险,快速准确的无创性产前筛查势在必行。目前,利用二代测序技术(next-generation sequencing,NGS)无创性产前筛查(non-invasive prenatal test,NIPT)T21/18/13等染色体非整倍体疾病已经大规模应用于临床。大多数临床研究只单纯关注于NIPT的准确性,而未关注其实际临床应用过程。由染色体病造成的出生缺陷中,除非整倍体外,还有一类就是由胎儿染色体拷贝数变异(copy number variations,CNVs)引起的基因组病。CNVs覆盖人类基因组的12%左右,大部分位于基因沙漠区,可以遗传自父母或新发。大多数CNVs不会致病,但是当CNVs区域涉及到敏感基因或者其上游调控序列的拷贝数变化时,就可能引起一系列表型,如先天畸形、智力低下、发育迟缓等症状,例如DiGeorge综合征、Cri-du-chat(5p-)综合征、1p36缺失综合征等。目前临床上常规产前诊断胎儿CNVs异常的方法是通过介入性取材后采用染色体微阵列分析技术(chromosomal microarray analysis,CMA)或高通量测序CNVs(copy number variations sequencing,CNV-seq)等高分辨率技术检测CNVs异常,分辨率可达到0.1Mb。传统的核型分析一般可以检测5Mb以上的CNVs异常。NIPT在成功大规模应用于检测染色体非整倍体后,一系列临床研究开始着重于检测CNVs异常引起的基因组病。目前研究都表明在较低数据量的情况下,检测10Mb以上的CNVs,,灵敏度均可达到99%以上,而检测5Mb以下的CNVs,其灵敏度依然不太令人满意。NIPT技术在检测有异常超声表现胎儿的CNVs时也具有一定的局限性。本研究拟先收集接受NIPT筛查孕妇的大样本病史资料,对其整理分类后进行统计分析,评估NIPT的临床应用情况。进一步收集胎儿超声异常孕妇的外周血和胎儿羊水或引产后胎儿组织,收集其相关病史资料,分析NIPT筛查CNVs的准确性的影响因素,探讨其临床应用指征及相关问题。研究方法:本研究第一部分回顾性收集自2015年3月至2017年6月,于中国医科大学附属盛京医院临床遗传科接受NIPT筛查的12714名孕妇的病史资料,并对其年龄、孕周、产前筛查指征、不同孕周胎儿超声结果、NIPT筛查结果、介入性取材后遗传学诊断结果和妊娠结局等分别进行了统计分析,评估NIPT的临床应用情况。第二部分共收集了49名因胎儿超声异常在盛京医院临床遗传科就诊的孕妇的外周血和47名孕妇的羊水或引产后胎儿组织,同时采集其相关临床信息。对比NIPT结果,CNV-seq结果和胎儿核型,评价NIPT筛查胎儿CNVs的准确性。结果:1.NIPT筛查胎儿非整倍体的评估结果:将NIPT结果按高风险组和低风险组分类后,年龄和孕周的差异显著,均有统计学意义(P<0.05);将NIPT结果与其对应的介入性遗传学诊断结果比较后,计算出NIPT筛查T21/18/13和性染色体异常的灵敏度均为100%,特异度分别为99.94%、99.99%、99.95%和99.79%;超声异常组NIPT结果阳性率较高,其中NT增厚组NIPT结果阳性率相对更高,单纯软指标异常组未出现阳性NIPT结果。2.NIPT筛查胎儿CNVs的检测结果:将异常组和正常组的年龄、孕周统计分析后发现无显著差异(P>0.05),没有统计学意义;根据超声异常的分类,检出异常例数最多的组别为多发结构异常;NIPT筛查大于1Mb的CNVs时,其灵敏度和特异度分别为83.33%和97.3%,NIPT筛查CNVs的准确性与其大小无关。结论:NIPT能够代替传统的血清学筛查胎儿非整倍体,有效的减少不必要的介入性取材的发生;NIPT结合胎儿超声诊断,能显著提高各自的筛查效力;NIPT可以应用于孕早期筛查胎儿CNVs异常;NIPT未筛查出胎儿CNVs异常而出现超声异常时,应谨慎评估孕妇是否应接受介入性遗传学诊断;孕妇的妊娠结局需依据介入性遗传学诊断结果来判定;核型分析依然是检测胎儿染色体的金标准,不能完全被其他检测所取代。
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