老挝沙耶武里水坝争端凸显了湄公河委员会自身机制的弊端，有效的合作机制是维护地区稳定的必要手段。湄公河委员会草创时期，成员国经过不断的妥协，在压制一些矛盾的情况下，才得以成立的。在湄公河流域类似争端早有发生，比如下游国家对中国在上游建坝的疑惑。沙耶武里水坝是在湄公河委员会合作框架下规划实施，由于领国对环保方面问题的忧虑，又在湄公河委员会机制下被叫停，老挝政府却不遵守湄公河委员会的决议，遭到邻国不断非议，争端由此而起。湄公河是流域内关系各国民生和经济发展的重要国际河流，在湄公河委员会合作框架下规划实施的多边合作项目还有很多，沙耶武里水坝争端陷入困境，湄公河委员会进退两难，日后类似争端再起，湄公河委员会自身能力不断削弱，加之相关国家出于自身国家利益考虑，地区安全局势将受到极大威胁。除湄公河委员会这一专门性的协调、管理水资源开发利用的机制外，流域内还存在其他一些综合性的合作机制，对协调水资源的开发利用活动，创造解决争端的善意对话平台，这些机制也有其独特的作用。由于经济发展和环境保护的相关要求，水资源问题的最终解决是一个长期的过程，各种机制的完善发展有待时日，但是一种有效的合作机制一直是流域内国家合作发展的内在要求。从长远来看，全流域水资源合作机制的建立是种趋势，而现存的专业性和综合性机制为这种趋势的发展提供了基础，有些优势合作机制将为水资源争端的最终解决创造可能。