鸡传染性支气管炎（Infectious Bronchitis，IB）是由传染性支气管炎病毒(Infectious Bronchitis Virus，IBV)引起的危害养鸡业的重要疾病之一。为探讨我国鸡传染性支气管炎病毒变异情况及分子流行病学规律，本研究于2008～2009年从华南、华中、华东、西南等地区的发病鸡群进行了IBV分离鉴定，并应用分子生物学技术对部分代表毒株的S1基因进行了克隆测序，对所得序列使用MEGA4.1、Clustal l.83、DNAStarLasergene 7.1等分析软件进行了裂解位点、遗传进化和同源性等分析，旨在从分子流行病学角度揭示IBV的流行变异规律。　　 本研究共分离到187株IBV，其中肾型占87％，呼吸型占13％。在雏鸡中IBV的分离率较高，10 ～ 30 d分离比例为64％，其他天龄分离率较低。主要分离区域在广东(30％)、广西(16％)、海南(17％)等地区。　　 选择80株具代表性的IBV进行了S1基因克隆与测序，并将序列提交到GenBank，获得80个毒株的S1基因序列注册号，分别为GU938365 ～GU938444。S1基因序列分析结果表明，分离毒株S1基因长度在1641 bp～ 1662 bp之间，以1650 bp(42％)、1656bp (26％)为主；裂解位点有6种类型，分别为RRTGR、HRRRR、RRSRR、RRLRR、RRFRR、RRSKR，以HRRRR (35％)、RRFRR (51％)为主。分离毒株与使用的疫苗株4/91、28/86、H52、H120、M41、Ma5、W93之间的S1基因核苷酸同源性在77.0％～99.6％之间，分离毒株之间的核苷酸同源性在75.4％～100％之间。进化树分析结果表明，中国大部分地区的IBV分离毒株与疫苗毒株遗传进化距离较远。目前流行的IBV可分为5个分支：A2-type、4/91 -type、HN08-type、Gray-type和M41-type，湖北、浙江、江苏、部分广东广西地区的主要分离株属于A2-type分支；部分广东、福建莆田、四川地区分离株属于4/91 -type分支；海南、部分广东广西地区分离株属于HN08-type分支：呈现出一定的地域性分布规律。