国库集中支付制度是伴随着我国财政管理制度的改革而生的，财政部门设立了国库单一账户，财政资金的预算分配，日常拨付和使用的全过程都在国库的监督和控制中进行。国库集中支付制度的实施涉及到所有经费来源于财政拨款的行政事业单位，高等院校也是享受财政拨款的事业单位。随着国家的发展壮大，教育支出也逐渐成为我国财政支出的重要部分，从2002年国库集中支付制度在教育部门开始试行至今已有十余年，在这期间国库集中支付制度对高校的预算管理、资金拨付方式、会计核算方法和资金筹措渠道等方面进一步的完善改革产生了深刻的影响。高校也在这种影响下发生了许多变革，这种在国库集中支付背景下的变革有积极的一面当然也存在着一些需要改进的问题。针对国库集中支付制度在我国高校实施的真实情况和存在的问题，文章从国库集中支付的改革背景与高校财务收支特点入手，对高校的财务活动进行全面系统的调查，归纳总结出高校在实际执行国库集中支付制度时遇到的问题，从提升高校财务管理、建设部门沟通协调机制、构建国库支付信息化系统等方面，提出提升高校国库集中支付质量与效率的建议。