番茄小RNA基因的计算机预测与分子鉴定

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MicroRNA (miRNA)基因是一类新发现的由22个核苷酸组成的非编码蛋白的小分子RNA。越来越多的证据表明miRNA基因在植物的许多生理过程中发挥着重要作用,包括细胞发育、增殖、凋亡以及胁迫反应等。番茄是一种重要的模式植物。由于基因组测序尚未完成,关于番茄中保守miRNA基因及其靶标序列的实验研究或者计算机预测都比较少。本研究利用计算机同源搜索途径,在番茄的EST及GSS数据库中共发现24条番茄miRNA基因,接着又在番茄mRNA数据库中发现了81个miRNA的潜在靶标基因,这些靶标基因大多数与植物的生长发育有关。为了验证通过计算机预测得到的miRNA基因,我们采用加poly(A)尾及RT-PCR的方法来克隆其中部分成熟的番茄miRNA基因。我们最后成功克隆到两个番茄小RNA基因miR159和miR319的序列。
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