改革开放以后,我国的工业化进程加快,经济腾飞,环境污染问题也随之呈指数增长。雾霾迷城、污水绕城、垃圾围城,恶劣的生态环境已经严重损害人体健康、严重侵犯公民的环境权益。行政机关负责环境资源的整合与分配,对自然资源与生态环境的保护起决定性作用。传统的行政诉讼制度多是为保护个人权益而提起,具有公共产品属性的环境权益通常被争讼的双方忽视,因此建立健全以保护环境公共利益为核心的环境行政公益诉讼制度尤为迫切。目前我国环境行政公益诉讼尚处于初步发展阶段,仅限于单一法律条文的约束而缺乏对该制度的细致立法与严格规范。完善我国环境行政公益诉讼制度能够有效约束行政机关行为、促进行政自律。完善环境行政公益诉讼制度是保护环境权益的重要保障,是建设美丽中国的客观需要。本文首先界定环境行政公益诉讼制度的相关概念,并总结环境行政公益诉讼的五个特征:诉讼目的的公益性;受案标准的严格性;起诉效果的预防性;案件审理的专业性;判决结果的导向性。对环境行政公益诉讼制度的沿革做简要阐述。系统分析了环境行政公益诉讼制度的理论基础:当事人理论;公民环境权理论;私人检察总长理论。文章对目前我国的环境行政公益诉讼制度立法现状进行考察与阐释,详细分析了环境行政公益诉讼制度在司法实践中出现的问题:即检察机关角色定位模糊;原告资格过窄;受案范围亟待扩大;案件线索来源缺乏公众参与;管辖权问题亟待厘清;赔偿请求的提出;举证责任模糊不清;二审启动机制存在矛盾;诉讼费用负担存在争议等问题。提出具有针对性的完善环境行政公益诉讼制度的对策:明确检察机关法律监督者的角色定位,明确检察机关“公益代表人”的诉讼程序权利;探索建立检察机关与环保组织构成的“二元”原告资格模式;将受案范围扩大到规范性文件;建立广泛的线索来源机制、确定检察建议履行标准;建立诉前保全制度;完善管辖权制度;科学分配举证责任;健全行政公益附带民事诉讼制度;明晰诉讼费用的承担。