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目的：（1）旨在从目前临床采用的诊断方法中寻找新的克罗恩病（CD）与肠结核（ITB）鉴别诊断依据；（2）建立一种实时定量检测结核分支杆菌（MTB）插入序列IS6110 DNA的方法，并探讨其在ITB诊断中的价值；（3）探讨副结核分支杆菌（MP）与CD的关系，建立一种实时定量检测MP插入序列IS900 DNA的方法，使其在CD与ITB的鉴别诊断中发挥一定作用。方法：（1）回顾分析比较33例CD和34例ITB病人的临床特点和鉴别要点；（2）采用FQ-PCR TaqMan技术对36例CD（16例石蜡手术标本，15例石蜡内镜活检标本，5例新鲜内镜活检组织）、36例内镜活检ITB（30例石蜡标本，6例新鲜组织）及34例阴性对照标本进行实时定量检测。结果：（1）对CD诊断有帮助的指标为：起病隐匿，病程长；胃肠道手术史；便血为主要表现之一；有肛周病变和（或）肠外表现；并发肠梗阻：内镜下见纵形溃疡、阿弗他溃疡、鹅卵石外观；病变部位仅累及空、回肠；病理组织学检查发现肉芽肿位于粘膜下层及以下。对ITB诊断有帮助的指标为：盗汗；合并肺结核；查体有腹部柔韧感；血清结核抗体阳性；内镜下可见环形溃疡；病理组织学检查见干酪样坏死。（2）23例ITB活检组织结核杆菌IS6110DNA阳性（其中19例石蜡，4例新鲜组织），阳性率63.89％，阳性标本的细菌数定量结果范围为2.44×10-4～2.26×101个／细胞，FQ-PCR对ITB诊断的灵敏度为63.89％，特异性83.33％，阳性预测值79.31％，阴性预测值69.77％。FQ-PCR灵敏度显著高于ZN抗酸染色（36.11％）。（3）未见有MP IS900 DNA的扩增，但8例CD和5例ITB电泳可见目的条带，测序结果发现为一新的未被报道的序列。结论：（1）现有的常用诊断方法对CD与ITB鉴别甚为困难；（2）MTB IS6110 DNA实时定量检测是一种快速有效的ITB诊断方法，尤其适用于抗酸染色阴性的内镜活检组织。（3）本实验不支持MP为CD的病因，在某些CD和ITB病人肠道中，可能存在某种其它的共同病原体。