转录组高通量测序分析脑白质病变的潜在生物学标记物

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研究背景目前脑白质病变(White Matter Lesions,WMLs)的发病机制目前尚未阐明,且缺乏预测早期发生WMLs的可靠指标。高血压病是WMLs的主要危险因素之一,但在临床中发现部分长期高血压病患者未出现脑白质病变,通过这一现象,可能找到高血压病患者可能发生WMLs的生物学标记物,进而探讨WMLs的发生机制。有研究表明,长链非编码RNA(Long Non-Coding RNAs,lncRNAs)可能对WMLs的发生发展具有重要意义,我们以此为切入点,对高血压病伴或不伴WMLs患者进行转录组高通量测序来分析导致WMLs发生的潜在生物学标记物。目的分析高血压病患者发生脑白质病变的潜在生物学标记物,进一步探讨脑白质病变发生的生物学过程及可能机制。方法1.将受试者分为WMLs组(高血压病伴WMLs患者)和对照组(高血压病不伴WMLs患者),通过转录组高通量测序分析两组的基因表达谱;2.为了了解与对照组相比WMLs组中DE mRNA的潜在功能,对差异表达(differentially expressed,DE)的 mRNA 进行 GO 分析;3.根据cis/trans分析,溯源到与DE mRNA相关的lncRNA。并对溯源到的lncRNA进行qPCR验证,得出WMLs潜在的生物学标记物;4.进一步扩大样本量,验证潜在生物学标记物的稳定性,并通过ROC曲线评估该标记物的预测能力。结果1.分析WMLs组和对照组的基因表达谱、做出热图,显示两组患者可以通过mRNA表达谱分别进行聚类显示。2.通过GO分析,DE mRNA被富集到与WMLs相关的生物学过程中,结合既往研究分析有4条生物学过程可能与WMLs有关(胆固醇逆向转运、细胞因子分泌的调节、炎症细胞凋亡过程以及白细胞介素-6分泌)。3.根据cis/trans分析,溯源到15个与mRNA相关的lncRNA。选取前6个具有显著统计学意义的lncRNA进行qPCR验证(包括CTD-3064M3.4、SLC9A9-AS2、LINC01013、AC011747.3、CTD-2162K18.4、CTC-246B18.10)。4.扩大样本量后进行qPCR验证,仅CTD-2162K18.4仍有意义,提示其可能是WMLs潜在的生物学标记物。CTD-2162K18.4的ROC曲线下面积为0.9062(95%IC:0.8508-0.9615),当界值是0.01654时WMLs组和对照组的分离效果最好(敏感性为78.00%,特异性为90.00%)。结论1.lncRNA在WMLs发病机制中起重要作用,可能是进一步研究的新靶点。2.通过转录组高通量测序分析及验证,发现CTD-2162K18.4可能是高血压病伴有WMLs患者的潜在生物学标记物。3.WMLs可能与胆固醇逆向转运、细胞因子分泌的调节、炎症细胞凋亡过程以及白细胞介素-6分泌有关,血脂异常与炎性反应可能在WMLs发生机制中起重要作用。由于有关lncRNA与WMLs的研究刚刚开始,具体机制有待进一步探讨。
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