税收共治是我国完成现代化治理改革的核心内容。《深化国税、地税征管体制改革方案》中指出,我国要全力提升税收工作环境,统筹各方力量,全力构建税收共治新格局,在这一过程中,跨部门税收监管合作是实现税收共治目标的重要途径。如何合理应对行使不同行政权力,相互不存在隶属关系的水平部门之间的跨部门税收监管合作过程中出现的问题,在税收征管体制改革的关键时期进一步加强跨部门合作,提升税收监管的质效,是新形势下专家学者及税务部门需要探讨研究的问题。福贡县是云南省乃至全国边疆、民族、贫困落后地区的典型代表,跨部门税收监管合作工作起步晚,起点低,经过三年的探索,福贡县税务局与该县部分单位开展了为数不多的跨部门税收监管合作事项,并初步建立了合作机制。但还存在效率低下、合作热情不高、征管能力欠缺的问题,协同治税的局面远没有形成。本文首先对福贡县跨部门税收监管合作取得的初步成效和存在的问题进行分析,之后通过文献分析法,运用新公共管理理论及信息不对称理论分析出该县跨部门税收监管合作问题产生的原因为合作支持不足、部门本位主义的影响和政府职能边界局限。进而运用比较研究法,借鉴国内先进经验,从中得到启示,结合福贡县实际,最后总结出通过法治引领,强化跨部门合作保障;思想先导,转变服务理念;以人为本,持续推进政府机构改革的措施。本文的主要创新之处在于,作者在福贡县税务局税源管理部门工作,是该县跨部门税收监管合作工作的具体承办人员,对实际情况较为熟悉,能保障研究过程及得出的结论真实可靠。另外,本论文研究资料除了获取来源于图书资源和数据库资源、网络资源之外,还有从相关部门获取的第一手资料,运用公共管理相关理论知识,有效分析该县跨部门税收监管合作的现实困境,探索出对应的破解方法,有部分实用性。实践中,研究成果或许能为该县更好地落实税收共治的要求,加强税收监管,促进纳税人税法遵从提供参考,同时,期待为经济社会环境相似的地区提供借鉴。