习近平总书记在党的十九大报告中明确提出,“创新是引领发展的第一动力,是建设现代化经济体系的战略支撑”。在2017年4月对广东工作的重要批示中,习近平总书记对广东提出殷切希望,要为全国实施创新驱动发展战略提供支撑。粤港澳大湾区作为国家全方位对外开放战略的重要示范区,在其中扮演着重要角色。在这样的现实背景下,研究粤港澳大湾区10个城市(不含澳门)创新效率和影响创新效率的因素能为进一步优化粤港澳大湾区发展提供相应的帮助。基于此,本文基于区域创新理论,首先对创新的概念进行了阐述,然后对创新效率测算阶段的划分进行了论述以及对影响创新效率的因素进行了理论分析,并在此基础上从价值链的角度出发,构建规模报酬可变情形下的两阶段链式关联DEA模型,选取了2011-2015年的R&D人员全时当量和R&D经费支出作为投入指标,选取了2012-2016年的专利申请数和专利授权数作为第一阶段产出指标,2013-2017年高技术产业产值作为第二阶段产出指标,对各个阶段的效率进行的测算,并给出了创新资源利用方式的4种模式。随后利用Tobit模型从经济环境、产业结构、政府支持、对外开放度和基础设施环境五个角度探究影响创新各个阶段效率的因素,最后结合粤港澳大湾区的实际情况给出相应的合理建议。本研究得出的主要结论有:1.从总体上看,粤港澳大湾区整体创新效率处于高投入低转化阶段。其中知识创新阶段效率较高,而科技成果经济化阶段效率处于较低水平,成为制约粤港澳大湾区创新效率的主要原因。粤港澳大湾区各城市之间的创新效率差异明显,深圳、东莞、惠州和珠海的创新效率相对较高,佛山和江门的创新效率相对较低,后者是未来技术创新发展的重点城市。2.粤港澳大湾区创新资源利用模式处于高研发高转化的城市仅占三成,分别是东莞、惠州和珠海。而处于低研发低转化的城市有佛山和香港,资源存在较大的浪费,许多城市两阶段效率值存在较大的改进空间,需要从相对弱项环节入手,提高创新效率。3.Tobit回归分析表明,经济环境、产业结构、政府支持和贸易开放度对区域创新的整体阶段效率影响显著,政府支持和基础设施环境对知识创新效率有显著的影响,经济环境、产业结构和基础设施环境对科技成果经济化阶段的效率影响显著。