本研究利用AFLP技术对古太子莲、太空莲及三种现代莲(舞妃莲、牡丹莲和美洲黄莲)进行了DNA多态性分析，选用56对具有三个选择性碱基的引物进行扩增，检测出2550条带，其中多态性条带为1445条，占56.7﹪，用UPMGA方法进行聚类分析，结果显示了五种莲的亲缘关系。在相似系数为0.63时，将它们分成美洲黄莲与亚洲莲两大类群，在相似系数0.75附近将这五个品种分为三大类即美洲黄莲、亚洲莲和美洲黄莲及亚洲莲的杂交后代。 　　接着从结构和功能两个方面比较了这五种莲的光合特性，探究不同时空对它们光合特性产生的影响。结构方面，对五个样品叶绿体的显微和超微结构进行观察，结果发现古太子莲与三种现代莲的叶绿体超微结构相似，都具有典型高等植物叶绿体的形态特征；但太空莲与其它几种现代莲相比，叶绿体发生了很大变化，没有明显的基粒和基质结构之分。功能方面，采用常规的叶绿体提取方法制备了五种莲叶绿体，检测了①叶绿素a、b的含量②吸收光谱及二、四阶导数③荧光光谱等指标。结果表明：在现代莲中，美洲黄莲的叶绿素含量最高，说明莲属中美洲黄莲与亚洲莲两大类群之间尽管形态相似，但光合作用方面还存在微小差别；经过微重力处理的太空莲叶绿素含量与两种现代亚洲莲(舞妃莲、牡丹莲)基本相似；而古太子莲的叶绿素含量却明显降低。通过荧光光谱的检测，我们发现太空莲与其他三种现代莲相比，光系统Ⅱ的活性较弱，推测太空的微重力和射线影响它光系统Ⅱ的活性。 　　本文得到的五种莲亲缘关系结果与它们的系谱非常吻合。对其光合特性的研究证实了古莲光合特性与现代莲相似；而太空莲的叶绿体结构和功能却发生了变化，主要表现为光合系统Ⅱ降低。