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目的：通过检测分析慢性乙型肝炎(乙肝)与健康者、乙肝典型证候之间的差异基因表达谱，探讨乙肝中医证候分型与差异基因表达之间的关联。 方法：采集乙肝患者(肝郁脾虚证、湿热蕴结证和肝肾阴虚证各3例)和健康者(3例)的外周血样本，提取白细胞中的总RNA；运用基因芯片技术检测基因表达，并对其表达谱进行比较，分析其差异表达基因、基因本体论(GO)和信号传导通路(Pathway)；使用实时定量RT-PCR验证30例患者白细胞中的9个差异基因的表达。 结果：乙肝与健康者之间有7918条差异表达基因。通过对7918条差异表达基因的聚类分析发现，二者能够完全区分。两者之间的差异表达基因主要涉及免疫反应如抗原提呈、抗原结合、T细胞选择等GO，细胞毒性T细胞介导的免疫反应、B细胞受体信号通路、T细胞活化等Pathway。 乙肝肝郁脾虚证、湿热蕴结证和肝肾阴虚证三个证候的患者之间的基因表达谱都存在明显的差异。乙肝肝郁脾虚证、湿热蕴结证和肝肾阴虚证三证候之间有516条差异表达基因。通过对516条差异表达基因的聚类分析发现，三种证候不能够完全区分。乙肝湿热蕴结证与肝郁脾虚证之间有299条差异表达基因(|foldchange|≧2，p<0.05)；乙肝肝肾阴虚证与肝郁脾虚证之间有713条差异表达基因(p<0.05)；乙肝肝肾阴虚证与湿热蕴结证之间共有29738条共同表达的基因，403条差异表达基因(|foldchange|≧2，p<0.05)。对证候之间的差异表达基因的聚类分析发现，乙肝证候两两之间能够完全区分。 对乙肝肝郁脾虚证、湿热蕴结证和肝肾阴虚证三组相对于健康组的差异表达基因进行GO分析发现，三者之间共有的GO有248个，包括免疫反应的激活、抗原结合、病毒复制过程等；肝郁脾虚证与湿热蕴结证共有的GO有47个，包括白细胞介导的细胞毒性反应、蛋白-脂质复合体、纤维蛋白溶解的调解等；肝郁脾虚证与肝肾阴虚证共有的GO有11个，包括转录终止因子的活性、过氧化物酶活性、干细胞的维持等；湿热蕴结证与肝肾阴虚证共有的GO有6个，包括RNA多聚酶Ⅲ转录因子活性、神经递质转运体活性、病毒体结合等；肝郁脾虚证独有的GO有30个，包括补体成分C1复合物、细胞动力学过程、多器官过程的调节等；湿热蕴结证独有的GO有16个，包括核质转运体活性、环化酶调节物活性、脂质储存的正向调节等；肝肾阴虚证独有的GO有1个，为氮氧化合物合成酶调节物活性。 对乙肝肝郁脾虚证、湿热蕴结证和肝肾阴虚证三组相对于健康组的差异表达基因进行Pathway分析发现，三者之间共有的Pathway有279个，包括抗原处理与提呈、细胞因子-细胞因子受体反应、脂肪酸代谢等；肝郁脾虚证与湿热蕴结证共有的Pathway有89个，包括花生四烯酸代谢、补体途径、半胱氨酸和甲硫氨酸代谢等；肝郁脾虚证与肝肾阴虚证共有的Pathway有16个，包括磷脂酶C信号通路、IL-4信号通路、枸橼酸盐循环等；湿热蕴结证与肝肾阴虚证共有的Pathway有17个，包括PPARa、PPARb(d)、PPARg的基本代谢及对基因表达的影响、细胞老化、eIF2的调节等；肝郁脾虚证独有的Pathway有55个，包括cAMP依赖性蛋白激酶PKA的活化、纤维溶解通路、单核细胞及其表面分子等；湿热蕴结证独有的Pathway有12个，包括氨基酸的分解代谢、g-分泌酶介导的ErbB4信号通路、钙依赖磷酸酶的效应等；肝肾阴虚证独有的Pathway有6个，包括GPCR信号的衰减、蒎烯的降解、γ-氨基丁酸受体存在周期等。 用实时定量RT-PCR验证COL5A1、TPMT、VNN1、RASSF5、PAG1、ELOVL2、ABCC3、PPARA和PPAP2A等基因的表达，其结果与基因芯片检测结果趋势一致。 结论：乙肝与健康者白细胞具有特征性的基因表达谱，其主要与免疫有关的基因呈显著性差异表达；乙肝肝郁脾虚证、湿热蕴结证和肝肾阴虚证患者自细胞各具有特征性的基因表达谱和显著差异表达基因，提示乙肝中医临床辨证分型具有分子生物学物质基础，与多个基因的差异表达密切相关。