随着我国城市化与工业化进程速度的加快,造成区域生态资源存量不断下降,资源再生能力不足的现象越来越严重。近年来,北海市经济社会和生态环境的协调发展也受到了越来越多因素的制约,为实现城市内部区域可持续发展和区域之间的协调发展,探索更加合理与完善的新型区域生态补偿机制逐渐成为大家共同关注的焦点问题。本文以广西北海市为研究对象,通过大量的国内外文献研究,在总结前人关于主体功能区生态补偿理论与机制研究的基础上,结合北海市主体功能区划的基本情况,试图对北海市主体功能区划下的生态补偿机制进行优化。本论文的研究内容和结论主要包括：首先,在遵循《全国主体功能区规划》及《广西壮族自治区主体功能区规划》的基础上,深入了解北海市生态社会经济发展的基本情况和特点将北海市划分为重点开发区、禁止开发区这两种主体功能区。并对北海市的生态补偿现状进行了初步分析。其次,通过从可持续发展、产权界定、生态经济价值和公平效益四个角度对北海市主体功能区生态补偿问题的分析可以看出：北海市自然资源没有得到可持续利用；不同功能区生态共享共建机制缺乏；补偿主体单一化；各主体功能区生态系统服务价值量化困难；补偿标准难以测算以及各区域发展不公平等诸多问题亟待解决。针对此现状,对北海市主体功能区生态补偿的运行机制进行了优化设计,明确了北海市主体功能区生态补偿的目标与基本原则,并有针对性地对各主体功能区生态补偿的补偿主体、补偿对象、补偿方式与途径、补偿标准等方面问题作了探讨,提出了解决方案。最后,为优化与完善北海市主体功能区生态补偿机制,从明确各主体功能区的补偿责任、建立主体功能区生态补偿专项基金、完善相关法规和制度建设、对禁止开发区进行援助这四个方面提出了对策建议,期望能为最终实现北海市经济与环境的协调发展提供决策参考依据。