随着可持续发展理念的发展和人们生态保护意识的增强，生态系统的重要性受到越来越多的关注，针对生态系统的各种研究也不断展开，其中以对生态系统健康和生态安全问题的研究最为令人关注。目前对于生态系统健康的研究已较成熟，而对生态安全的研究仍不完善，尚无公认的定义，处于相对较为混乱的状态，对“健康”和“安全”的概念存在混淆，难以进一步开展有效的研究。 本论文围绕“近岸海域生态系统健康与生态安全评价”这一主题进行了理论-方法-实践的深入研究。本论文共分六章，包括了研究总结、理论研究和方法构建、案例分析三个部分： (1)研究总结，包括第一章和第二章。第一章对研究背景进行了阐述，明确了本论文研究的目的意义；第二章对国内外生态系统健康与生态安全的理论和实践研究进行了总结，指出了目前生态系统健康与生态安全研究中存在的问题。 (2)理论研究和方法构建，包括了第三章和第四章。第三章中笔者提出了本论文的研究目标、研究原则、研究内容、技术路线及研究方法。第四章中笔者提出了对生态系统健康与生态安全的定义，对二者进行了区分，即“健康”是指生态系统在正常运行时的状态，“安全”则是指生态系统应对外界突发性或极端不利影响的能力，即抵御风险的能力，健康的生态系统并不一定是安全的，只有具有较强的抵御风险能力的生态系统才是安全的。在此基础上，笔者提出了一套完整的近岸海域生态系统健康与生态安全评价的方法体系。 (3)案例分析为第五章。以第四章中提出的评价方法体系为指导，选取厦门湾及其毗邻海域以及福清湾及其毗邻海域为案例研究对象，结合研究区特色，分别构建了包含3个层次，27个共性指标和9-13个特色指标(根据海域特色设定)的生态系统健康与生态安全指标体系。运用评价方法对厦门湾及其毗邻海域以及福清湾及其毗邻海域的健康和安全状态分别进行了评价。结果表明，这两个海域均处于亚健康状态、一般脆弱(预警状态)状态。 (4)在第六章中，笔者对生态系统健康与生态安全评价方法及实践进行了总结，并提出了今后对于生态系统健康与生态安全研究的一些设想。