炭样小单孢菌 JXNU-1是本实验室从土壤中筛选得到的一株具有广谱抗菌活性的稀有放线菌。前期研究已建立了从该菌发酵液中分离纯化抗生素的方法，并经分析初步确定其抗生素为一核苷类抗生素，但有关炭样小单孢菌 JXNU-1中抗生素的生物合成机制仍不清楚。本文采用组学方法筛选炭样小单孢菌JXNU-1中抗生素生物合成相关基因（簇），具体内容和结果如下：　　1．以优化 SDS法提取炭样小单孢菌 JXNU-1基因组 DNA，采用高通量测序技术对基因组 DNA测序，利用 SOAPdenovo软件组装，人工 PCR修补基因组部分缺口，然后进行生物信息学分析，最终获得炭样小单孢菌 JXNU-1全基因组精细图，相关序列已提交 GenBank，获得登录号为 JXSX00000000；　　2．以 RNAiso试剂法提取发酵36 h（抗生素分泌前）和发酵108 h（抗生素分泌后）炭样小单孢菌 JXNU-1总 RNA，分别构建抗生素分泌前后的 cDNA文库，采用 Illumina Hiseq2500测序平台对 cDNA文库测序，序列已提交到NCBI SRA，获得登录号 SRP066689；基于 cDNA文库测序结果，得到炭样小单孢菌 JXNU-1抗生素分泌后与分泌前的差异表达基因1072个，其中上调表达基因573个，下调表达基因499个。将抗生素分泌过程中表达显著上调的30个基因定位到炭样小单孢菌 JXNU-1全基因组的13基因簇中，经分析初步确定基因簇 cluster12为炭样小单孢菌 JXNU-1中抗生素合成相关基因（簇）；　　3．以发酵108 h的炭样小单孢菌 JXNU-1菌体为实验组（Tester），发酵36 h的菌体为驱动组（Driver），分别提取总 RNA、合成双链 cDNA，进行抑制性消减杂交，成功构建炭样小单孢菌 JXNU-1发酵分泌抗生素前后的消减 cDNA文库，选取部分阳性克隆进行测序，获得差异片段26个，从中筛选得到与抗生素生物合成密切相关基因5个（经荧光定量 PCR验证）。根据炭样小单孢菌JXNU-1全基因组序列，上述5个基因被定位到4个基因簇中，且分析确定基因簇 cluster2极可能为炭样小单孢菌 JXNU-1中抗生素合成基因（簇）；　　4．经比对分析发现，转录组测序分析得到的基因簇 cluster12与抑制性消减杂交技术分析得到的 cluster2实际为同一基因簇，可以确定为炭样小单孢菌JXNU-1中抗生素生物合成基因簇，cluster2序列已提交 GeneBank，获得登录号 KU355271；　　上述研究结果为阐明炭样小单孢菌 JXNU-1中抗生素生物合成的代谢通路及调控机制提供了实验依据。