【摘 要】
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目的:量化食管鳞癌(Esophageal Squamous Cell Carcinoma,ESCC)样本突变频谱,并探究基因变异与临床病理特征及PD-L1表达的关系,以期寻找潜在的靶向和免疫治疗靶标。方法:对29
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目的:量化食管鳞癌(Esophageal Squamous Cell Carcinoma,ESCC)样本突变频谱,并探究基因变异与临床病理特征及PD-L1表达的关系,以期寻找潜在的靶向和免疫治疗靶标。方法:对29例ESCC样本进行520个肿瘤相关基因检测,运用生物信息学方法进行数据分析,进一步评估肿瘤突变负荷(Tumor Mutation Burden,TMB)和微卫星不稳定性(Microsatellite Instability,MSI)。采用免疫组化(IHC)(22C3)技术检测PD-L1表达。结果:1.突变频率最高的基因是TP53(96.6%),其次是NOTCH1(27.6%),EP300(17.2%),KMT2C(17.2%)等,拷贝数扩增和缺失频率最高的基因分别是CCND1/FGF3/FGF4/FGF19(41.4%)和CDKN2A/2B(10.3%)。2.通过量化COSMIC突变特征对单个样本的相对贡献,从中确定了6个主要突变特征,包括突变特征1,突变特征2和突变特征13(APOBEC介导的突变特征),突变特征10,突变特征12和突变特征17。3.细胞周期信号通路,染色体重塑信号通路,JAK-STAT和Notch信号通路相关基因变异率分别为96.6%,79%,75.9%和48.3%。4.评估样本PD-L1表达,13.8%(4/29)样本TPS≥1%,17.2%样本TMB高于10 mut/Mb。所有样本都是微卫星稳定的。5.基因变异与临床病理特征及PD-L1表达的关系:KMT2D突变与淋巴结转移相关(P=0.03)。CCND1/FGF3/FGF4/FGF19扩增与分化程度相关(P=0.03)。CCND1/FGF3/FGF4/FGF19扩增和CDKN2A缺失与浸润深度相关(分别为P=0.02,P<0.001)。TMB与淋巴结转移相关(P=0.02),与吸烟及PD-L1表达均未见显著关联。PD-L1表达与检测到的基因变异未见显著关联。结论:1.初步构建高发区可手术切除ESCC相关的基因变异谱,29例ESCC患者的主要突变特征是突变特征1,突变特征2,突变特征10,突变特征12,突变特征13和突变特征17。2.细胞周期信号通路,染色体重塑信号通路,JAK-STAT和Notch信号通路可能参与ESCC的发生发展。3.KMT2D突变、CCND1/FGF3/FGF4/FGF19扩增、CDKN2A缺失可能是ESCC新的预后因子。4.PD-L1表达与TMB及检测到的ESCC基因变异谱之间未见显著关联。
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