与中国原产完全甜柿乙醇脱涩相关基因的筛选

来源 :华中农业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:chly31
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中国原产完全甜柿(简称中国甜柿或C-PCNA)是在湖北省大别山区发现的完全甜柿种质资源,具有解决甜柿亲本稀少而造成的近交退化现象的应用潜力,但其遗传背景及脱涩机理尚不清楚。本研究以‘小果甜柿’(Diospyros kaki Thunb.’Xiaoguo-tianshi’)为试材,采用SSH(抑制消减杂交)技术筛选人工脱涩过程中差异表达基因,以期为探讨其脱涩机理及其遗传改良提供进一步的科学依据。主要研究结果如下:1.本试验构建10%乙醇处理果实的正反向消减文库;正向文库随机挑选和保存1600个阳性克隆,反向文库随机挑选和保存1800个阳性克隆。2.本试验利用抗生素和菌液PCR等方法筛选文库阳性克隆;菌液PCR分析表明,克隆插入片段在300-1200bp之问,文库重组率为95%;正向文库随机挑选34个阳性克隆测序获得32条有效EST序列,反向文库挑选59个阳性克隆测序获得55条有效EST序列;剔除重复序列和小于100bp序列,两库序列合并组装获得70条序列。利用BLAST进行非冗余(non-redundant)数据库序列相似性比对,其中53条序列有确切功能,根据其预测功能进行GO(gene ontology)分类,其生物学功能有:转运活性(transporter activity)2个、催化活性(catalytic activity)22个、结构分子活性(structural molecule activity)3个、分子传感器活性(molecular transducer activity)1个和绑定活性(binding activity)24个。3.正向文库获得8条与脱涩相关的EST序列,其中包括参与柿果实无氧条件下乙醇发酵代谢过程的两个关键酶—丙酮酸脱羧酶(pyruvate decarboxylase, PDC)和乙醇脱氢酶(alcohol dehydrogenase, ADH)基因序列;另外六个编码的蛋白分别为NADH泛醌氧化还原酶亚基7(nadh-plastoquinone oxidoreductase subunit7,NQO)、甲酸脱氢酶(formate dehydrogenase, FDH)、跨膜超家族9成员4(transmembrane9superfamily member4-like, TM9SF-4)、液泡巯基蛋白酶(thiol protease aleurain)、细胞色素B还原酶(cytochrome b reductase)和MYB转录因子(myb family transcription factor)。4.反向文库获得14条与脱涩相关的EST序列,编码的蛋白包括:S-腺苷甲硫氨酸合成酶(s-adenosylmethionine synthetase, SAMS); cop9信号小体复合体亚基5A(cop9signalosome complex subunit5a-like);ring-box蛋白(ring-box protein, RBX); cullin3蛋白(cullin3);组蛋白h3(histone h3):双因子响应调节阀arr11(two-component response regulator arr11);组织蛋白酶b(cathepsin b);过敏诱导响应蛋白(hypersensitive-induced response protein);甘油醛-3-磷酸脱氢酶(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, GAPDH);小分子热休克蛋白(small heat shock protein);核酮糖二磷酸羧化酶小链(ribulose bisphosphate carboxylase small chain); cc-nbs-lrr抗性蛋白(cc-nbs-lrr resistance protein):蛋白-L-异天冬氨酸O-甲基转移酶(protein-L-isoaspartate o-methyltransferase)和kdaI类热休克蛋白(kda class i heat shock protein)。综上所述,中国甜柿的脱涩过程与参与‘凝固效应’的ADH和PDC有关,可能还包括转运等相关基因的表达。C-PCNA果实乙醇脱涩相关消减文库的构建为进一步研究打下了良好基础。
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